Tämä toimintaa pursuava seikkailu esittelee Mewtwon, joka on luotu harvinaisimman Pokémonin, Mew’n, DNA:sta. Mewtwo aikoo todistaa olevansa paras ja houkuttelee Ashin, Pikachun ja muut ennennäkemättömään Pokémon-matsiin. Mewtwo vastaan Mew, superkloonit vastaan Pokémon. Kaikkien aikojen mittelö, jonka panoksena on koko maailman tulevaisuus!

Viktoriaaniseen Englantiin sijoittuvat tapahtumat kertovat Rei- nimisestä nuorestatiedemiehestä. Ensimmäinen maailmannäyttely on ovella, kun Rei saa yllättävän lahjanisoisältään, Roidilta. Höyrypallo, jonka Roid on lähettänyt Reille, pitää sisälläänuskomattomia voimia. Nämä voimat voivat olla hyvin tuhoisia väärissä käsissä, joitaedustaa höyrypalloa tavoitteleva häikäilemätön ja salaperäinen Ohara Foundation.