Rok poté, co se Jintanovi zjevila Menma – zesnulá kamarádka z dětství, se parta Super Peace Busters znovu schází ve své tajné základně, aby Menmě napsali dopis a uctili tak její památku. Během psaní dopisů máme možnost sledovat, jak životy pěti kamarádů pokračují a zároveň nás film provede hlavními událostmi seriálu, když hrdinové vzpomínají na dobu před rokem a na to, jaký měl na jejich životy duch Menmy vliv.
Lupin, geniální zloděj a jeho společník právě odjíždějí s plným autem peněz z vykradené banky, když si v náhle uvědomí, že peníze jsou pouhé padělky. Cestou potkají tajemnou dívku pronásledovanou neznámými útočníky. Na poslední chvíli se Lupinovi podaří dívku zachránit, přičemž ale spolu s ní spadne z útesu. Když se po chvíli probere, zůstane po dívce pouze rukavice a v ní tajemný pečetní prsten. Nyní záleží pouze na Lupinovi, zda rozluští záhady točící se kolem neznámé dívky, rodu Cagliostrů a padělaných peněz...(Chiivan)
Dvacátnice Taeko si jede odpočinout od kancelářské práce na venkov. Cesta a následná setkání jí začnou vyvolávat vzpomínky na dětství ve městě. Z paměti jí tak vytanou každodenní drobnosti, jako když poprvé ochutnala ananas, ale také studijní frustrace z matematiky, i dětské romance či křivdy z puberty.
Po teroristickém útoku v Johokamě panuje obří zmatek. Nikdo není schopen určit další kroky teroristů, z nichž někteří mohou mít i značný vliv, jelikož pravděpodobně zastávají vysoká místa v armádě. Hlavním tématem příběhu je status Japonska, které se výborně ekonomicky, politicky a technologicky rozšiřovalo bez toho, aniž by se zapletlo do dalších válek poté, co bylo okupováno spojenci na konci Druhé světové války. Nastává tedy pochmurný politický thriller, kdy jeden teroristický útok dokáže policejní i vojenské složky pořádně rozhodit.
Film vypráví o mývalech, kteří žijí v klidu poblíž Tokia. Žijí v klidu a míru, dokud se město nezačne rozrůstat. Lidé vykácí jejich rodné lesy a snaží se tam postavit městskou zástavbu. Mývalové se svými schopnostmi přeměny se je snaží zastavit, ale dokáže vůbec něco lidi zastavit, když ani strach, či soucit to nedokázaly?
Dívka Haru zachrání kocoura, který přecházel rušnou ulici. Tím ale uvede do chodu sérii fantaskních událostí, které ji přivedou až do království koček. Onen kocour totiž byl kočičí princ a jeho otec, aby projevil vděk, za něj chce Haru provdat. Pomoc před nedobrovolným osudem Haru nalézá v Kočičí obchodní kanceláři. Ta sídlí ve světě bytostí, které mají duši, tedy výtvorů lidské představivosti. Jedním z nich je i elegantní Baron, který se spolu s přízemním kocourem Mutou a chrličem Totem pokusí plánované svatbě zabránit.
Spousta konstrukčních robotů Laborů se z neznámých důvodů porouchala. Se zvyšujícím se chaosem v Tokiu je odhaleno, že tyto nehody se točí okolo Projektu Babylon, japonským plánem vybudovat umělé ostrovy v Tokijském zálivu. Věci se navíc komplikují tím, že hlavní architekt spáchal sebevraždu, když skočil do rozbouřených vln právě z okraje Archy, prvního ostrova. Jak vyřeší policie, konkrétně Sekce 2, tyto poruchy, když se proti nim mohou vzbouřit i jejich vlastní Labory?
Nevydařený experiment s geneticky upravenými rostlinami způsobil katastrofu na zemi. Většina populace byla vyhlazena. Zbytky lidí se snaží přežít na zpustošené planetě. Nezbedný chlapec Agita potká dívku Tuulu, která žila v minulosti. Její otec zajistil, aby přežila katastrofu. Shunnack, přeměněný člověk také z minulosti, chce pomocí Isutoky (systém přírodní obnovy) obnovit "pořádek" na Zemi. Plně si však neuvědomuje, co vlastně dělá, protože by musel obětovat všechny lidi, aby mohl planetu napravit. K porozumění přijde bohužel příliš pozdě.