Stark, erbarmungslos, blutrünstig: Zur Zeit der industriellen Revolution hat ein Virus die Menschen im feudalen Hinomoto in Kabane, lebende Leichen, verwandelt. Die Überlebenden haben sich in Bahnhöfen verschanzt, die nur durch gepanzerte Zugfestungen erreicht werden können. Als eines Tages eine Dampflok voller Kabane in den Bahnhof Aragane rast, infiziert sich ein Großteil der Bevölkerung durch die Bisse der untoten Monster. Auch Dampfschmied Ikoma wird von einem Kabane angefallen, kann den Virus dank seiner eigenen Nachforschungen jedoch aufhalten. Nun ist er halb Kabane, halb Mensch: ein sogenannter Kabaneri! Gemeinsam mit der starken Mumei, die ebenfalls eine Kabaneri ist, kann er in der Eisernen Festung entkommen. Doch auch der Yashiro-Bahnhof, die nächste Station auf der Fahrt nach Kongokaku, sendet kein Signal zurück …

In diesem Kompilationsfilm gibt es einige zusätzliche Szenen und Perspektivwechsel zu sehen, die nicht Bestandteil des Hauptanimes waren. Kakushi Gotou ist ein Mangaka, dessen Werke vor allem für ihre erotischen Inhalte bekannt sind. Gleichzeitig ist er auch ein alleinerziehender Vater, der auf keinen Fall möchte, dass seine Tochter Hime von seiner Arbeit erfährt, damit sie nicht von ihm enttäuscht ist. Je älter das Mädchen wird, umso schwieriger wird es, das Geheimnis zu bewahren – und Kakushi gerät in allerlei absurde Situationen, um seine Tochter vor der, in seinen Augen, harschen Realität zu beschützen.

Biba Amatori, der Anführer des Bunds der Jäger, entpuppt sich als Mumeis „großer Bruder“. Obwohl er als Held gefeiert wird, der überall im Land gegen die Kabane ins Feld zieht, ist Ikoma wenig begeistert und vermutet, dass Biba irgendetwas im Schilde führt. Im Bahnhof Iwato, der letzten Festung vor Kongokaku, ist man ebenfalls skeptisch. Und tatsächlich: Als man sich entschließt, den Bund der Jäger zu empfangen, endet der Besuch in einem Blutbad – und einer Invasion der Kabane. Auf dem Weg zum Sitz des Shoguns beginnen sich nun auch die anderen zu fragen, welches Ziel Biba eigentlich verfolgt. Denn wozu hält er eine Horde Kabane in einem Waggon der Triumphierenden Festung gefangen? Und was genau hat er mit Mumei vor? Wird es Ikoma doch noch gelingen, sie aus den Fängen ihres Bruders zu befreien?

Obwohl der Einjährige Krieg offiziell beendet ist und ihre Armee kapituliert hat, schmiedet eine Handvoll Überlebender der Truppen des Herzogtums Zion weiterhin verdeckte Komplottpläne. Unter der Führung eines fanatischen Admirals starten sie die Operation »Stardust« (Sternenstaub). Während die Erde noch damit beschäftigt ist, ihre Kriegsverletzungen zu versorgen, wollen sie schmerzliche Erinnerungen wecken … Kou Uraki, ein junger Testpilot der föderalen Truppen, hat den vergangenen Konflikt noch nicht miterlebt. Doch er wird die Hölle des Krieges an dem Tag kennenlernen, an dem die Truppen von Zion zum Angriff übergehen werden. Es beginnt also eine lange Verfolgungsjagd quer durch den Weltraum, wo sich der Feind versteckt hält und mit seinen Schachfiguren in einem politischen Kräftemessen aus interstellarer Ebene vorrückt!