해적선 메가파우나를 타고 지트단을 쫓는 베를리 제남일행. 그 사이 캐피털 아미, 아멜리아군, 돌렛 함대가 카시바 미코시 부근에서 치열한 전투를 벌이면서 지구권의 전황은 완전히 달라지고 있었다.전쟁이 낳는 비극과 증오를 없애려는 베를리지만 캐피털 아미와 지트단의 공투, 아멜리아군과 돌렛함대의 연대에 의해 우주전함마저 격침하는 파괴력을 자랑하는 모빌슈트군이 차례로 전장에 투입되고 이윽고 싸움의 장소는 대기권 안으로 옮겨가는데…

1년 전쟁이 종결된지 3년, 지구연방군은 당시 큰 전과를 올린 건담의 후속 프로젝트를 진행한다. 그러나 테스트 개발 중이었던 두 기의 모빌슈트가 지온군의 잔당 조직에게 탈취되는 사고가 발생하는데...

를르슈는 나이트 오브 세븐이 된 스자쿠와의 약속을 지키기 위해 어린 시절 그와 함께 지냈던 집을 찾아간다. 그러나 갑자기 나타난 브리타니아 군이 무방비 상태의 를르슈를 붙잡는다.

정체 모를 누군가에게 어머니가 살해당한 후 ‘신성 브리타니아 제국’에서 쫓겨난 황태자 를르슈. 그는 신성 브리타니아 제국에 점령 당한 일본 - 에어리어 11에서 그 정체를 숨기면서 살고 있다. 어머니를 죽게 하고, 여동생 나나리의 눈과 다리의 자유를 빼앗은 신성 브리타니아 제국이 전복되면서 수수께끼의 미소녀 C.C.가 나타나고, 를르슈는 그 야망을 실현하기 위해 움직인다.

황력 2010년, 극동사변이 발발함으로써 패전국인 일본은 신성 브리타니아 제국의 속령이 되어 에어리어 11로 불리게 된다. 그로부터 7년 후, 브리타니아의 지배에 맞서는 저항 세력인 흑의 기사단이 결성, 흑의 기사단은 수많은 레지스탕스를 흡수하며 규모를 키워나간다. 한편, 일본 총리의 아들인 쿠루루기 스자쿠는 브리타니아의 황녀 유페미아 리 브리타니아의 기사가 되었는데....

대인 관계에 서투른 소녀 ‘고토 히토리’는 무대에서 빛나는 밴드 활동을 동경해 기타 연주를 시작하지만, 여전히 친구가 없다. 혼자서 연습하며 실력을 키우던 중 자신의 연주 영상을 인터넷 사이트에 올리고 어느 날 ‘결속밴드’에서 드럼을 담당하는 ‘이지치 나지카’가 먼저 ‘고토 히토리’에게 말을 거는데…?!

자원이 고갈된 지구를 구하는 에너지인 '포톤 배터리'. 지구에서는 제조할 수 없는 에너지 장치의 공급원으로 향하기 위해 지구권을 떠난 베를리 제남, 아이다 술간 등이 승함하는 메가파우나는 마침내 목적지인 금성 주역에 있는 비너스 그로브에 도달한다.지구로의 귀환=레콩기스타 작전을 목표로 하는 지트단과의 싸움을 거쳐, 아이다는, 「포톤·배터리」의 생산과 공급을 독점하고 있는 단체 「헤르메스 재단」의 라·구 총재와의 회담의 기회를 얻는데….