Nakon što im otac neočekivano umre i naslijede obiteljski ranč s konjima, otuđena sestra i brat, Em i OJ, susretnu čudno biće koje vreba s neba.
Radnja filma prati Minu, 28-godišnju umjetnicu koja se izgubi u prostranoj, netaknutoj šumi u zapadnoj Irskoj. Kada Mina nađe sklonište, nesvjesno ostaje zarobljena pored tri stranca koje svake večeri promatraju i uhode tajanstvena stvorenja.
Prošlo je nekoliko mjeseci otkako su mutanti zaustavili Williama Strykera, ali su to platili gubitkom Jean Gray, s čime se Scott nikako ne može pomiriti. Odlazi na mjesto na kojem ju je izgubio i ona se pojavi pred njim. Sukobi ljudi i mutanata, koji dosežu kritičnu točku, mogli bi uskoro prestati jer su znanstvenici otkrili zbog čega mutanti uopće mutiraju. To otvara put proizvodnji „lijeka“ za mutaciju, što X-Mene zgražava. Vijesti dopiru i do Magneta, koji odlučuje povesti mutante u veliki rat protiv čovječanstva pa za saveznike pokušava dobiti i mutante profesora Xa.
Nasljednik Jigsaw ostavštine je detektiv Hoffman kojem se približava FBI te je on prisiljen ponovno pokrenuti zloslutnu igru.