Kui Berliner Mieke (Jessica Boehrs) kuulutab end e-posti teel ameeriklase Scottile (Scott Mechlowicz), lükkab ta ta meheks. Kui ta oma vea avastab, proovib ta temaga ühendust võtta, kuid see on võimatu. Ainus viis teda vallutada näib olevat reisimine Berliini (Saksamaa) ja selleks saadavad teda reisil tema sõbrad Cooper (Jacob Pitts) ning kaksikud Jenny (Michelle Trachtenberg) ja Jamie (Travis Wester).

Lõvi Alex, sebra Marty, kaelkirjak Melman ja jõehobu Gloria on ikka veel Madagaskaril, kuid vahepealse aja jooksul on sündinud sedavõrd hullumeelne plaan, et see võib isegi toimida. Nimelt on suutnud ettevõtlikud pingviinid seada töökorda vana lennukivraki ning nüüd kavatsevad sõbrad sellega tagasi koju lennata. Paraku püsib sõiduk õhus ainult natuke aega, millele järgneb hädamaandumine Aafrika südames. Seal kohtavad nad esmakordselt elus liigikaaslasi ning tutvuvad oma juurtega.

USA astronaut kapten Charles Chuck Baker maandub Planeet 51-l, arvates, et on esimene inimene, kes on selle pinnale astunud. Oma üllatuseks avastab ta, et planeet on asustatud väikeste roheliste inimestega, kes elavad õnnelikult helges maailmas ning kelle ainus hirm on, et neid ründavad tulnukad... näiteks sellised nagu Chuck.