Blíží se Vánoce a Sakuta věří, že jeho milá bude mít při svém pracovním vytížení nyní trochu více volného času. Jeho představy o společných romantických chvilkách jsou však přerušeny náhlým zjevením dívky, která byla před dvěma lety jeho první velkou láskou. Tak se do chlapcova života vrací Shouko Makinohara a to hned dvakrát! Jak je to možné a proč je jedna Shouko mladou dívkou v Sakutově věku a druhá roztomilá školačka? Vše se navíc zamotává tak, že starší Shouko musí začít u chlapce bydlet, což však narušuje Sakutův současný vztah, a druhá mladší verze je zase pacientkou ve stejné nemocnici, kam chodí na pravidelné prohlídky Sakutova sestra, a to s velmi vážnou diagnózou. Jak to vše souvisí a proč chlapce zrovna nyní opět začaly tak strašně bolet ty záhadné jizvy na prsou?

Píše se rok 2029, kvůli neustále narůstajícím problémům s hackery byl zřízen zvláštní útvar Sekce 9. Hlavním cílem jejich aktivit je aktuálně hacker známý jako "Pán loutek", nabourávající se do kybernetických mozků významných osobností i obyčejných lidí. Agent Batou a jeho partnerka Motoko Kusanagi, která disponuje stoprocentně kybernetickým tělem, se pouštějí do napínavého lovu, na jehož konci již nic nebude tak jednoznačné jako dříve.

V opuštěném Tokiu plném bublin a gravitačních anomálií zažije nadaný mladík osudové setkání se záhadnou dívkou.

Hlavní hrdina filmu a zázračný vynálezce jménem Ray Steam získal tajemnou kovovou kouli, která obsahuje novou formu energie schopnou zásobovat celou zemi. Tenhle mladý muž ji však musí využít, aby bojoval proti zlu, zachránil svou rodinu a ubránil Londýn před zničením.

Ash, Misty a Brock přijmou pozvání od záhadného trenéra a setkají se tak s uměle vytvořeným pokémonem Mewtwoem, který už se nemůže dočkat prvního souboje.