Ο Μπάτμαν μαθαίνει για το θάνατο του Ρας Αλ Γκουλ, του ανθρώπου που τον εκπαίδευσε, μετά την επίσκεψη της κόρης του, Ταλία, στο Γκόθαμ Σίτι. Το σημαντικότερο, όμως, νέο για τον Μπάτμαν είναι η ύπαρξη ενός δεκάχρονου, βίαιου και δύστροπου αγοριού, του οποίου πατέρας φαίνεται να είναι ο ίδιος και τώρα πρέπει να το προστατέψει από τον άνθρωπο που σκότωσε τον Ρας Αλ Γκουλ.
Όταν ποσότητες ραδιενεργών αποβλήτων έρχονται σε επαφή με τέσσερα χελωνάκια κι έναν αρουραίο στους σκοτεινούς υπονόμους της Νέας Υόρκης, η χημική αντίδραση που δημιουργείται προκαλεί κάτι αδιανόητο. Ο αρουραίος είναι πλέον ο σοφός δάσκαλος Σπλίντερ και οι χελώνες… χελωνονιντζάκια! Ο Ραφαέλ, ο Μικαλάντζελο, ο Ντονατέλο κι ο Λεονάρντο είναι άσοι στο να τρώνε πίτσα και να καταπολεμούν το έγκλημα με τις γνώσεις τους πάνω στις πολεμικές τέχνες. Ο εχθρός ονομάζεται Σρέντερ και η επιθυμία του να κατακτήσει τον κόσμο μπορεί να βρει κόντρα μονάχα από τους τέσσερις ήρωες.
Μια τελετή μαύρης μαγείας φέρνει στη Γη τον δαίμονα Hellboy, γεννημένο στις φωτιές της Κόλασης. Ο καλόκαρδος δόκτωρ Μπρουμ θα τον πάρει υπό την προστασία του και θα τον γνωρίσει σε μια ομάδα ανθρώπων, που ζουν απομονωμένοι εξαιτίας των υπερφυσικών τους ικανοτήτων. Ο πύρινος ήρωας θα συμμαχήσει μαζί τους για να πολεμήσουν τις δυνάμεις του Σκότους, που απειλούν την ανθρωπότητα...
Έχοντας αποτύχει να εξολοθρεύσει τον Aquaman την πρώτη φορά, ο Μπλακ Μάντα διψασμένος να πάρει εκδίκηση για τον θάνατο του πατέρα του, θα κάνει τα πάντα για να καταστρέψει επιτέλους τον Aquaman. Αυτή τη φορά, ο Μπλακ Μάντα είναι πιο ισχυρός από ποτέ έχοντας τιθασεύει τη δύναμη της μυθικής Μαύρης Τρίαινας, που εξαπολύει μία αρχαία και κακόβουλη δύναμη. Για να τον κατατροπώσει, ο Aquaman θα στραφεί στον φυλακισμένο αδελφό του Ορμ, τον πρώην βασιλιά της Ατλαντίδας, με στόχο να συνάψουν μία ανορθόδοξη συμμαχία. Μαζί, πρέπει να παραμερίσουν τις διαφορές τους για να προστατεύσουν το βασίλειο και να σώσουν την οικογένεια του Aquaman και τον κόσμο από τον αφανισμό.
Ο Μπάτμαν και ο Ρόμπιν ξαναδίνουν αγώνες ενάντια στους εγκληματίες που απειλούν την ασφάλεια των κατοίκων της πόλης Γκόθαμ...
ΟΚ, ο Τζο Μπάουερς δεν είναι ιδιαίτερα έξυπνος.Γι αυτό και δέχεται να συμμετάσχει σε ένα απόρρητο πείραμα, στο οποίο αυτός και μια πόρνη μπαίνουν στην κατάψυξη για 500 χρόνια! Όταν ξυπνήσουν, η ανθρωπότητα βρίσκεται σε μαύρα χάλια: οι ηλίθιοι έχουν πολλαπλασιαστεί πέρα από κάθε φαντασία κι έχουν καταλάβει τον πλανήτη, η Ουάσιγκτον έχει θαφτεί κάτω από τόνους σκουπιδιών, ενώ ο πρόεδρος των ΗΠΑ είναι τρις πρωταθλητής του κατς και παλαίμαχος πορνοστάρ! Ο Τζο πλέον είναι ο πιο έξυπνος άνθρωπος σε ολόκληρο τον πλανήτη! Η επιβίωση του ανθρώπινου γένους βρίσκεται στα χέρια του!
Οι Χελώνες και ο Σρέντερ μάχονται για άλλη μια φορά, αυτή τη φορά για το τελευταίο δοχείο της λάσπης που δημιούργησε τις Χελώνες, το οποίο ο Σρέντερ θέλει να δημιουργήσει έναν στρατό νέων μεταλλαγμένων.
Η ταινία, χρονικά τοποθετημένη πέντε χρόνια μετά το τέλος του Σούπερμαν 2, ξεκινάει με την επιστροφή του Σούπερμαν. Ο ήρωάς μας ανακαλύπτει πως κατά τη διάρκεια της απουσίας του ο Λεξ Λούθορ αφέθηκε ελεύθερος και οι κοντινοί του άνθρωποι αισθάνθηκαν εγκαταλελειμμένοι και συνέχισαν τις ζωές τους. Ο Λούθορ σχεδιάζει την απόλυτη εκδίκηση που θα οδηγήσει στο θάνατο εκατομμυρίων και θα αλλάξει το πρόσωπο του πλανήτη για πάντα, φυσικά αφού ξεφορτωθεί τον σταυροφόρο με την κάπα.
Ένας από του καλύτερους αστυνόμους σκοτώνεται εν ώρα εργασίας και επιστρέφει στα εγκόσμια με υπερφυσικές δυνάμεις με μοναδικό σκοπό να πολεμήσει ενάντια σε όλες τις δυνάμεις του κακού που πολιορκούν την πόλη του. Γύρω του τέσσερις γοητευτικές γυναίκες που άλλοτε τον βοηθούν και άλλοτε κάνουν δυσκολότερο το έργο του.