Vuosi 1944. Raskaana oleva nainen ja kirjoja kainalossaan puristava tyttö kiitävät Espanjan vuorilla armeijan autokaravaanin kyydissä. Äidin on päästävä lapsen isän, yltiöagressiivisen everstin luo. Tyttö pakenee yhä syvemmälle fantasian labyrinttiin. Sadistisena riehuvan sissisodan kuolinkouristukset rinnastuvat Ofelian mielikuvitusmaailmaan. Vanhan myllyn uumenissa avautuu labyrintti. Sen outoa logiikkaa noudattava isäntä Pan ajaa Ofelian yhä merkillisimpiin tehtäviin ja kohtaamisiin. Satumaisuus lumoaa herkästi. Heti perään seuraa sadistinen veriteko. Keijujen lento ei ole niin kepeää, kun hurme hulmahtaa siiville tuon tuosta. Del Toron ihmiset ovat inhimillisiä, uljaita ja uhrautuvaisia.
Lara Croftin elämä on aina täynnä toimintaa, mutta tällä kertaa hänen on kohdattava erittäin vaarallinen tehtävä. Laran on löydettävä muinaisen sivilisaation esine, maailmankaikkeuden pahuuden valtias, Pandoran laatikko, ennen kuin mielipuolinen tiedemies pääsee totettamaan maailmanlaajuista hävitystä. Laran seikkailu alkaa Kreikasta ja jatkuu Hong Kongin kautta Keniaan.
Elokuvan päähenkilöinä ovat nuori Emo ja vanhempi Proog, jotka ovat valtavan koneen sisällä. Juoni on hyvin moniselitteinen. Proog yrittää selittää Emolle, miten välttää vaaroja koneen sisällä: jotkin normaaleilta näyttävät asiat ovat turvallisia, jotkin petollisia.