העלילה בסרט כמעט ולא קיימת. ילדה שאוספת צנצנות מלאות במים ושומרת על ביצה שכנראה יקרה לה ולא ידוע תוכנה הפנימי, חיה בעולם כמעט מחוסר אנשים בלי אור יום. היא פוגשת חייל שמחזיק בידו מין חפץ שנראה כמו צלב. לאחר זמן מה מתפתחת שיחה והחייל מספר לה גרסה אמנזית של תיבת נוח.

נוביטה נוסע לעתיד כדי להראות לסבתא האהובה שלו את כלתו, אבל נוביטה הבוגרת נמלט מהחתונה שלו. האם הוא אי פעם יכול להיות בעל טוב לשיזוקה?

יאגאמי ראיטו מוצא את "מחברת המוות", מחברת בעלת היכולת להרוג, והוא מחליט ליצור אוטופיה על-ידי הריגת פושעי העולם, ובמהרה הבלש הדגול בעולם, "L", נזעק בכדי למצוא את העבריין האולטימטיבי. קרב כולל בין המוחות הגדולים על כדור הארץ מתחיל, ושניהם מנסים להוכיח מיהו בדיוק "הטוב" ומיהו "הרע".

חפץ יקר בשם "חותם המלך" אשר שייך למלך של קהילת הנפשות נגנב על ידי קבוצה מסתורית. היטסוגאיה טושירו, קפטן קבוצה 10, אשר היה אחראי על החפץ כאשר נגנב יוצא להחזיר את החפץ ולנקות את שמו