Shaun on keskea-eelsetes aastates mees, kel puudub elus kindel siht. Enda ükskõiksuse tõttu kaotab ta ka enda tüdruksõbra Liz-i. Kuid peale lahkuminekut saab ta aru kui tähtis Liz talle on ning üritab teda tagasi võita. Kuid maailmas, mis on täis zombisi, pole see üldsegi mitte lihtne. Nüüd peab ta päästa nii enda armastatu kui ka ema surnust ärganute käest...

Lõvi Alex, sebra Marty, kaelkirjak Melman ja jõehobu Gloria on ikka veel Madagaskaril, kuid vahepealse aja jooksul on sündinud sedavõrd hullumeelne plaan, et see võib isegi toimida. Nimelt on suutnud ettevõtlikud pingviinid seada töökorda vana lennukivraki ning nüüd kavatsevad sõbrad sellega tagasi koju lennata. Paraku püsib sõiduk õhus ainult natuke aega, millele järgneb hädamaandumine Aafrika südames. Seal kohtavad nad esmakordselt elus liigikaaslasi ning tutvuvad oma juurtega.