태평양 전쟁 끝 무렵, 일본군이 점령한 시골 부락에 사는 청년 마다산의 집에 정체 불명의 괴한들이 침입해 정월이 되면 찾으러 오겠노라며 자루 두 개를 맡기고 사라진다. 일본군 포로 한 명과 중국인 통역관이 들어있는 자루를 건네받은 마다산은 그들을 일본군에 신고하거나 죽이면 마을 사람들을 모조리 죽이겠다는 괴한들의 협박을 받고 전전긍긍한다. 고심하던 마다산은 마을 사람들을 모아 회의를 열어 일본군 몰래 그들을 돌봐주기로 한다. 마다산과 마을 사람들은 틈만 나면 고래고래 소리를 질러대는 일본군 포로 때문에 골치가 아프지만 온다고 했던 괴한들은 정월이 되도 나타나지 않는다. 점점 지쳐가던 마을 사람들은 일본군과 협상을 벌이기로 결정하는데...

리자(알렉산드라 슬라스카 분)는 아우슈비츠에서 SS감독관으로 있었던 자신의 과거에 대해 두 가지 다른 회상을 들려준다. 첫 번째 회상은 전쟁이 끝난 수 독일로 돌아가는 화려한 쾌속선에서 남편에게 들려주는 불온한 부분을 삭제한 버전이다. 그녀는 서로 사랑하는 사이인 남녀 수감자가 만날 수 있게 호의를 베풀었지만 그 이상 그들의 운명에 관여할 힘은 없었다고 말한다. 리자가 혼자 회상하는 두 번째 버전에서는 그녀의 동기가 좀더 복잡하고 모호하며 여자 수감자에 대한 집착적 관계가 드러난다.

때는 제2차 세계대전. 체코의 작은 마을에도 나치의 마수는 어김없이 드리워지고, 유대인의 상업행위에도 제동이 걸린다. 이로 인해 가난하고 어수룩한 소작농 토노에게 귀가 들리지 않는 노년의 유대인 과부 로잘리가 운영하는 단추 가게를 가로챌 기회가 찾아온다. 동서가 기관원인 든든한 빽을 둔 덕에 공짜로 가게를 차지하게 된 토노와 졸지에 피고용인 신분이 되어버린 로잘리의 사이가 좋지 않은 건 너무도 당연한 일이다. 하지만 매일같이 투닥거리는 와중에도 토노는 로잘리에게 진심 어린 우정을 느끼게 되고, 며칠 뒤 그녀가 아우슈비츠에 끌려갈 운명임을 알게 되자 감당할 수 없는 혼란에 빠져든다.

롬멜(Erwin Rommel: 제임스 메이슨 분)과 다른 동료들은 히틀러의 광기 어린 통치로 인해 조국이 패망의 길로 치닫고 있음을 점차적으로 깨닫게 되고, 나라를 구하는 길은 오직 히틀러를 제거하는 길 뿐임을 인식한다. 롬멜은 서방과의 평화 복원을 위해 총통을 암살할 계획을 세우지만, 계획은 실패로 돌아가고, 이어 대대적인 반역자 색출 및 제거 작업이 뒤따른다. 북아프리카 전선에서 사막의 여우같은 능수능란한 전술을 구사했던 롬멜은 조국을 사랑했던 성실한 군인의 표상으로 묘사되는데, 자신의 상급 지휘관이었던 폰 룬슈타트 장군과 함께 연합군의 노르망디 상륙을 저지하지 못했던 것이 베를린 수뇌부의 적절치 못한 간섭에 기인한 것으로 설명된다. 이를 계기로 롬멜은 히틀러에 대한 암살 가담 결심을 굳히지만 계획이 성공하지 못하자, 베를린 수뇌부에 의해 곧 반역자로 지목되는데...

1945년 모든 전선에서 일본군이 패하고 있을 무렵 뇌물수수로 예편 당한 의학박사 이시이 시도 박사가 731 부대장으로 부입한다. 동시에 부족한 병력을 보충하기 위해 일본인 소년병들을 모집, 731 부대의 특수임무 수행을 위한 엄격한 훈련이 시작된다. 소년병들의 교육 과정은 냉동 실험, 세균 실험, 독가스 실험, 폭파 실험 등 살아있는 인간 마루타를 대상으로 온갖 잔혹한 실험을 하는 것이다. 표면적으로는 비인간적이고 변태적인 소장의 명령에 따르면서 소년병들은 내심의 갈등을 계속하고, 세균폭탄 투하실험에서 그 잔인성은 극에 이른다. 드디어 완성된 세균폭탄을 전선에 싣고 가기만 하면 되는 순간, 일본의 항복과 퇴각명령이 내려진다. 세균폭탄의 비밀유지를 위해 살아남은 중국인들은 모두 사살되고 비밀서류와 시설은 불태운 후 731부대는 퇴각한다. 마지막으로 생존한 마루타였던 중국인 소년이 이시이 부대장에게 칼을 휘두르지만 결국 죽음을 당한다.

제2차 세계대전이 발발하자 독일은 U보트의 생산을 10배로 늘렸으며, 대량생산으로 한 달에17척의 U보트를 건조했다. 히틀러는 유럽전선에서 승리의 관건이 대서양 장악이란 것을 알고 있었다. 그리고 장악하려고 시도했다. 1942년 말 경 U보트는 그룹으로 활동했는데 라 불리운 이들은 1000척이 넘는 연합군의 함선을 격침시켰다. 이것으로 독일은 결정적인 승기를 잡게 되었다. 독일은 승리하고 있었고 이런 추세가 계속되었다면 전 유럽은 패망했을 것이다. 1943년 1월, 루즈벨트 대통령과 처칠 영국 수상은 U보트의 저지를 최우선 목표로 선언하였다. 미국의 본격적인 참전과 진보된 기술에 힘입어 연합군의 반격이 시작되었다. 여태껏 한 달 평균 5척의 U보트 밖에 격침되지 않았지만 독일은 '검은 5월'이라 불리는 대 패배를 하게 된다. 바로 그 달에 연합군은 41척의 U보트를 침몰시켰다. 80% 정도의 군사가 목숨을 잃었으며, 의 제해력은 급격하게 쇠퇴하고 마는데...