Charlie on melkoinen konna koiraksi. Niinpä hän ajautuukin välienselvittelyyn Carface-nimisen ryökäleen kanssa. Charlielle käy hassusti ja hän joutuu toteamaan että koirien paikka on taivaassa. Mutta kun Charlie palaa selvittämään välejä Carfacen kanssa hän tapaa pienen tytön, Anne-Marien, joka saa Charliesta lempeän ja uskollisen kumppanin. Tällöin seikkailu vasta alkaa
Kaikki tutut hahmot - leijona Alex, seepra Marty, kirahvi Melman, virtahepo Gloria, kuningas Julien, Maurice ja pingviinit - palaavat valkokankaalle Madagascar 2:ssa. Tultuaan jätetyksi autiolle Madagascarille newyorkilaiset ovat kehittääneet niin hullun suunnitelman, että se voi jopa toimia. Pingviinit ovat - tavallaan - korjanneet sotilaallisella tarkkuudella vanhan tuhoutuneen lentokoneen. Päästyään ilmaan erikoinen miehistö pysyy taivaalla juuri ja juuri riittävän kauan selviytyäkseen villeistä villeimmästä paikasta, itse Afrikan tasangoista, jossa eläintarhassa kasvaneet sankarimme törmäävät ensimmäistä kertaa oman lajinsa edustajiin. Samalla kun he löytävät juurensa, he tajuavat nopeasti todellisen oikean ja betoniviidakon eron. Kauan kadoksissa olleista sukulaisistaan, kilpakosijoista ja viekkaista metsästäjistä huolimatta Afrikka vaikuttaa huippupaikalta... mutta onko se parempi kuin heidän kotinsa Keskuspuistossa?
Kun pala taivasta putoaa hyvää tarkoittavan kanan päähän, hän olettaa, että hänen maailmansa on romahtamassa. Pikku Kanasen täytyy hautoa suunnitelma hysteeristen hylkiöystävien kanssa planeetan pelastamiseksi avaruusolentojen hyökkäykseltä ja todistaa, että pieni kana on maailman suurin sankari. Kun taivas todella on putoamassa ja järki on räpytellyt pois kanalasta, kuka pelastaa päivän?
Karvinen ja Osku hyppäävät kuninkaalliseen seikkailuun päätyessään Eskon mukana Englantiin, missä eräs Karvista erehdyttävästi muistuttava paksukaiskissa on juuri perinyt emäntänsä mittavan perinnön. Karviselle koittavat todelliset kissanpäivät, kun sitä luullaan paikalliseksi siniveriseksi, kunnes eräs perinnönhavittelija aiheuttaa sille varsin ikäviä ongelmia.
Sally ja Conrad viettävät kotona tylsää sadepäivää. Mieliala on alhaalla, sillä kuriton Conrad on uhattu lähettää sotilaskouluun ja yksinhuoltaja-äiti on retkahtamassa naapurissa asuvaan lurjukseen. Mike Myersin esittämä anarkisti-Katti ilmestyy taloon kuin tyhjästä ja taikoo pian paikan täydelliseen sekasortoon.