Ce programme de neuf courts métrages faisant appel à diverses techniques d'animation (animation classique, manga, images de synthèse...), raconte plusieurs histoires au sein du monde de la Matrice autour de la guerre hommes/machines. 1 - Le Dernier Vol de l'Osiris 2 - La Seconde Renaissance, partie 1 3 - La Seconde Renaissance, partie 2 4 - L'Histoire de Kid 5 - Programme 6 - Record du monde 7 - Au-delà 8 - Une histoire de détective 9 - Matricule

Kusanagi et toute la section 9 doivent débusquer un terroriste connu sous le nom de "Fire Starter" qui libère un virus affectant les cyber cerveaux.

Abandonnés après une énième guerre mondiale, deux mercenaires - Deunan et son partenaire cyborg, Briareos - sont envoyés en mission aux abords d’une ville ravagée par les combats. Pendant l’opération, ils croisent le chemin d’Iris et Olson, deux citoyens de la ville utopique d’Olympe qui ont peut être un plan pour sauver le monde, mais l’impitoyable Thalos et le seigneur de guerre Two Horns ont leur propre idée derrière la tête. C’est à Deunann et Briareos qu’il incombera de protéger leurs nouveaux amis et sauver le dernier espoir de l’humanité.

Dans un futur proche, l’humanité a réussi à dompter la technologie et bénéficie de tout le confort moderne. Mais un dernier enjeu pèse sur la société : le vieillissement de la population. Pour résoudre ce fléau grandissant, la médecine est remplacée par la robotique avec la création d’une machine nommée le « Z-001 », capable de prodiguer tous les soins nécessaires aux personnes âgées. Kijûrô Takazawa est le premier cobaye contraint à tester ce robot, bien que ce dernier aurait souhaité rester avec son ancienne infirmière, la jeune Haruko. L’expérimentation tourne mal et le Z-001 se transforme en arme de destruction massive.

En ce milieu du XXIème siècle, l'Humanité habite Mars dont l'aménagement et la terraformation purent être menés en un temps record par l'utilisation intensive de la main-d'œuvre robotique. Le détective Ross Sylibus est transféré sur la planète rouge après que sa fiancée ait été tuée sur Terre par un robot dysfonctionnel ; lui-même n'a pu survivre que grâce à l'implantation de prothèses artificielles et il garde comme séquelle une haine viscérale pour les robots… Sentiment assez courant sur Mars car ces machines y sont particulièrement dépréciées à cause du taux important de chômage qu'elles provoquent. Et pour couronner le tout, un robot se retrouve impliqué dans la toute première affaire à laquelle est confronté Sylibus dès son arrivée à l'aéroport martien : Kelly Mac Cannon, une chanteuse de country et star interplanétaire par dessus le marché, qui se trouvait à bord du même vol que lui, est assassinée, mais pas par un robot car c'est elle le robot…

Dans une ville cyberpunk délabrée en proie à la criminalité et à la corruption, un procureur de district sans scrupules est sauvagement assassiné et jeté hors d'un immeuble sur sa toute nouvelle voiture. Mystérieusement, le procureur de district et sa voiture reviennent à la vie comme un être unique avec une soif de vengeance. L'étrange voiture sans conducteur se lance dans un déchaînement vicieux exigeant une revanche sur les criminels qui l'ont assassiné.

Une chasseuse de primes intergalactique affronte un extraterrestre mortel qui a pris le contrôle du corps de son androïde de combat.

Au XXIème siècle, le piratage des réseaux faisant rage, un puissant consortium utilise des livreurs de données. Johnny est l'un de ces coursiers. Son cerveau a été aménagé pour recevoir des données qu'il ignore et qu'il convoie ensuite à travers le monde.

Dévastée par l'anarchie sociale et la peste, l'Amérique du 21e siècle est plongée dans un cauchemar barbare. Seul Pearl Prophet, une magnifique femme mi-humaine / mi-robot, a les connaissances nécessaires pour développer un vaccin. Mais au cours de sa quête désespérée pour sauver le monde, Pearl est capturée par des pirates cannibales qui veulent garder l'antidote pour eux… et dominer le Terre ! A présent, seuls les incroyables talents de combattant de Gibson Rickenbaker peuvent la sauver, et avec elle le reste de la civilisation…

Yokohama, 2346. La belle ville portuaire japonaise est devenue un véritable cauchemar urbain. Pour lutter contre la surpopulation, la ville, dirigée par un maire fou, force les citoyens à prendre une drogue qui les rend stériles. La résistance cherche malgré tout à renverser le pouvoir en place. Ils vont être aidés par un répliquant (droïde à image humaine), qui va rapidement se retrouver confronté à un policier déterminé à mettre fin aux agissements des révolutionnaires. Jusqu'à ce qu'il découvre que la vie qu'il menait n'était qu'un énorme mensonge…

Jobe Smith, simple d'esprit et souffre-douleur de la ville, interesse vivement un de ses voisins, le docteur Angelo, genie de l'electronique, qui est l'inventeur d'un programme qui stimule l'intelligence des animaux.

Blade, un flic mi-homme mi-cyborg doit élucider une série d'enlèvements mystérieux. Un mystère complexe se révéle, alors qu'il plonge dans les enfers de la ville. En son coeur, la société Sintek et son chef, l'impitoyable et belle Elexis Sinclair. Biochimiste brillante, Sinclair ne reculera devant rien pour atteindre son but: un plan qui pourrait forcer la prochaine étape de l'évolution humaine ou mener l'humanité à la catastrophe.