Sieben Jahre nach der gewaltigen Schlacht um Teppelin gegen den Spiral King Lordgenome sind nun vergangen und Simon wurde zum neuen Herrscher gewählt. Trotz einiger Unruhen verbleibender Gunmen, darunter auch Viral, ist endlich Frieden und Wohlstand eingekehrt. Leicht bleibt das Leben für Simon und seine Gefährten aber nicht und schon bald müssen sie sich neuen Aufgaben stellen. Ein neuer Feind, der sich selbst die "Anti-Spiral" nennt, erscheint und stellt alle bisherigen Feinde in den Schatten. Warum attackieren die Anti-Spirals die Menschen und was hat Nia damit zu tun? Ein neues Abenteuer für Simon und seine Mitstreiter beginnt, bei dem das Schicksal der Menschheit auf dem Spiel steht. Bei Gekijouban Tengen Toppa Gurren Lagann: Lagann-hen handelt es sich um eine Zusammenfassung der zweiten Hälfte von Tengen Toppa Gurren Lagann mit einigen neuen Szenen. Hierbei wird nahtlos am Vorgängerfilm Gekijouban Tengen Toppa Gurren Lagann: Gurren-hen angeknüpft und die Handlung fortgesetzt.
Während des Krieges von U.C. 0079 treffen im Thunderbolt-Sektor die Moore Brotherhood der Earth Federation und die Living Dead Division der Principality of Zeon aufeinander. Auf diesem Schlachtfeld, dominiert von den zerstörten Resten der früheren Kolonie 4, Moore, kommt es dabei auch zur Konfrontation des Piloten-Asses der Föderation, Io Fleming, mit dem besten Scharfschützen auf Seiten Zeons, Daryl Lorenz, und ein erbitterter Kampf entbrennt zwischen den beiden.
Das hübsche Androiden-Mädchen Tima - erschaffen von dem verrückten Wissenschaftler Dr. Laughton - soll Red Duke, dem skrupellosesten, machtversessenen Mann von Metropolis, die Weltherrschaft und den Griff nach den Sternen ermöglichen. Der Detektiv Shunsaku-Ban und sein Neffe Ken-Ichi ahnen, dass die Erfüllung der Pläne den Untergang der Menschheit nach sich ziehen wird. Sie beginnen einen einsamen Kampf, gejagt von Rock, dem hasserfüllten Ziehsohn des Red Duke. Doch die Apokalypse ist kaum aufzuhalten...
Die Geschichte spielt während einer Zeit, als sich die Welt in tiefster Verzweiflung befindet. Nachdem ein Gift namens »Shinobi« durch einen Asteroiden auf die Erde gelangte, flohen die Menschen an einen Ort namens »Kairiku«, der sich am Grund des Meeres befindet, um sich vor den Auswirkungen des Giftes zu schützen. In einer solchen Welt gab es nur einen einzigen Hoffnungsschimmer: die heilige Waffe »Giga-Road« und den legendären Krieger »Yagyuu«. Nun reist Ame, die Prinzessin einer gefallenen Nation, durch die Welt, um sie zu retten und das Unheil zu vertreiben.
40 Jahre nach dem Krieg gegen die Dokouga wird Remy durch einen Unfall lebensgefährlich verletzt und in einem Traum muss sie gegen ihr Schicksal kämpfen, das sie und ihre Freunde, die sie an ihrem Krankenbett besuchten, in einer mysteriösen Stadt gefangen hält und ihrer aller Leben bedroht.
Die Welt im Jahre 2131: Ein Dritter Weltkrieg hat die Zivilisation größtenteils zerstört. Die ehemalige Polizistin Deunan Knute kommt in die futuristische Metropole Olympus, wo sich eine neue Weltordnung etabliert hat. Doch auch hier droht ein neuer Konflikt.
Die Erde ist in höchster Gefahr: Mächtige Bewohner der Parallelwelt Cephiro erscheinen in Tokyo und sind unserer Welt alles andere als wohl gesonnen. Alle Menschen sind mit einem Mal spurlos verschwunden. Einzig die drei Freundinnen Hikaru, Umi und Fuu sind aus mysteriösen Gründen noch in Tokyo und müssen mit legendären Robotern für die Zukunft der Erde kämpfen. Doch der Kampf kann keinesfalls mit Waffengewalt alleine gewonnen werden...
Fünf Piratinnen steuern die Sol Bianca, ein Raumschiff mit einem höheren Technologielevel als jedes andere bekannte. Mit ihm suchen sie nach Reichtümern wie der Gnosis, einem legendären Gegenstand der Macht, und Pascha, dem wertvollsten Mineral der Galaxie.
Der Mega Shark kehrt nach seinen Kämpfen gegen den riesigen Octopus und den Crocosaurus erneut zurück. Als er dieses mal wieder die Weltmeere unsicher macht und einen gigantischen Schaden vor der Küste Ägyptens anrichtet, hat dies weltweite Börsencrashs und Panik zur Folge. Doch die Navy hat aus den ersten Mega-Shark-Vorfällen gelernt und ist nun besser auf die Situation vorbereitet: Sie haben bereits ein spezielles U-Boot entwickelt, dass der Gestalt eines Hais ähnelt. Die Militärwissenschaftlerin Rosie will damit dem gigantischen Haifisch gegenübertreten und ihn besiegen. Jedoch konnte Rosie viele der Schwächen der neuartigen Maschine noch nicht rechtzeitig ausmerzen und der Mega Shark macht sich diese schon bald zu Nutzen.