Kijima Naito et Fei Zhui Lau sont des fugitifs d'un laboratoire qui étudie cruellement les effets du Sacred Seven sur les humains.
Ce film est en fait la suite de la première partie du premier film qui reprend donc la deuxième saison de Tengen Toppa Gurren-Lagann et donc de la nouvelle vie de Simon et de ses compagnons.
24e siècle. L’univers tel qu’on le connait est tombé peu à peu sous le joug de puissantes organisations mafieuses. La plus terrifiante d’entre toutes, la Guilde des Pirates de l’Espace, recherche avidement le seul homme à lui avoir tenu tête, un pirate solitaire dont le nom raisonne comme une légende : Cobra ! Planète Vénus.
Marqué par le Second Impact, le Quatrième Ange attaque Tokyo-3 et le sort de l'humanité est entre les mains de la NERV. Shinji Ikari est chargé de piloter l'EVA-01 et de combattre avec Rei Ayanami, pilote de l'EVA-00, mais son EVA-01 est endommagée par le Sixième Ange. Misato Katsuragi tente de canaliser toute l'électricité du Japon dans le fusil à positron de l'EVA-01 afin de vaincre l'Ange.
Un missile d'origine inconnue détruit un pont de Tokyo. La police des Labors est chargée par un agent du gouvernement d'enquêter sur l'affaire...
La forteresse SDF-1 revient vers la Terre, poursuivie par des guerriers géants. Au cours d'une attaque, un jeune pilote, Hikaru Ichijô, sauve la célèbre chanteuse Lynn Minmay. Ils se lient d'amitié Hikaru l'emmène au cours d'un vol d'entraînement mais ils se font capturer…
Char tente de prendre possession de l'astéroïde Luna 5 durant la bataille de Gryps. Mission réussie, il parvient à le faire lancer sur Lhassa, au Tibet, là où se trouvait le nouveau QG de la Fédération. Adenauer Paraya, un politicien envoyé par la Fédération, a pour mission de négocier secrètement avec Char Aznable afin qu'il n'y ait plus de conflit. La négociation tourne à l'avantage de Char qui rachète l'astéroïde Axis à l'aide d'une très forte somme en or. Son plan, projeter Axis sur Terre pour anéantir toute vie dessus et accélérer l'évolution de l'humanité en NewTypes. Bright Noah, Amuro Ray, et tous les membres de Londo Bell devront alors tout faire pour empêcher cette catastrophe.
Dans un futur indéterminé, une nouvelle unité de police, les Patlabor, utilise des robots géants pour faire régner l'ordre. Mais des pannes inexpliquées perturbent les machines.
La baie de Tokyo est le théâtre de tragiques événements. Plusieurs accidents s'y produisent et l'origine du phénomène qui les cause demeure encore un mystère. Les agents Kusumi et Hata, chargés d'élucider cette sombre affaire, s'aperçoivent que les diverses victimes sont à la fois les hommes et les Labor, ces gigantesques robots mis au point par les entreprises de construction japonaises à la fin du siècle et qui permettent d'effectuer de cyclopéens travaux d'aménagement.
An UC 0123. Trente ans se sont écoulés depuis l'ultime révolte de Char Aznable (évènements de la première saga close par le film Mobile Suit Gundam : Char contre-attaque) et la Terre connaît une période de paix et de prospérité sans précédent. La guerre paraît déjà lointaine et Neo Zeon n'est plus qu'un souvenir. Pourtant, cette quiétude ne durera pas longtemps… La puissante famille Ronah, à la tête de l'organisation militaire Crossbone Vanguard, s'empare des colonies spatiales Frontier Side et proclame son indépendance et la création d'une utopie politique : Cosmo-Babylone. Pour Seabook Arno et ses amis, c'est le début de l'horreur le jour où Crossbone Vanguard attaque leur colonie. Tandis que Seabook prend les commandes du prototype Gundam F91 pour protéger sa vie, sa petite amie Cecily Fairchild est kidnappée par Crossbone Vanguard…
2133: La moitié de l'humanité a été décimée par une guerre mondiale non-nucléaire. Des cendres terrestres nait Olympus, cité utopique, où les humains (reconditionnés) et les bioroïdes vivent en parfaite harmonie. Pour protéger ce "paradis", une unité spéciale a été crée: l' ES.W.A.T. Deunan et Briareos le cyborg font équipe au sein de cette unité. Lors d'une intervention anti-terroriste dans une église abandonnée, Briareos est blessé. Deunan doit donc faire équipe avec un nouveau partenaire: Tereus, un bioroïde dont la voix et le visage sont en tous points identiques à ceux de Briareos avant qu'il ne devienne un cyborg. Un changement qui perturbe fortement les sentiments de Deunan alors que les menaces terroristes se font de plus en plus pressantes.
Nous sommes en l'an A.D. 2307. Le monde a épuisé toutes les ressources combustibles de la planète et l'ère solaire a débuté. Dans cette course à l'énergie, trois grandes puissances ont réussi à s'imposer en créant des ascenseurs orbitaux (AEU, USEFN, HRL). Cependant, le partage de cette nouvelle ressource crée des conflits entre ces trois grands qui se disputent le marché, mais aussi avec les autres pays qui ne bénéficient pas de l'exploitation de cette dernière. Religion, économie et politique sont les principales raisons des incessantes guerres civiles qui se déroulent un peu partout à la surface du globe. Alors que l'AEU présente au monde sa nouvelle armure mobile fonctionnant uniquement à l'énergie solaire, une Mobile Suit inconnue débarque et détruit cette dernière sans difficulté. Un peu plus tard, deux autres armures mobiles similaires font échouer un attentat visant un ascenseur orbital…
La troisième guerre mondiale a pris fin et la guerre a été déclarée hors la loi. Pour régler les conflits, on met au point de gigantesques robots, les Robots Jox, qui entrent en action quand les grandes puissances se disputent le controle d'un territoire. Achilles, l'un des pilotes de ces Robots, est envoyé en Alaska...
Compilation de la série télévisée avec de nouvelles scènes et de nouveaux personnages.