Alt han vil er å forsvinne. Istedenfor er nå Jason Bourne jaktet på av folkene som gjorde ham til den han er. Han har mistet hukommelsen og kvinnen han elsket, så han kan ikke stoppes av kuler eller en ny generasjon av snikskyttere. Bourne har bare et mål: å gå tilbake til begynnelsen og finne ut hvem han var.

En søvnig søndag morgen mens barn lekte og familier var i kirken suste skvadroner av japanske krigsfly over himmelen på Hawaii og angrep den amerikanske flåtebasen Pearl Harbor. Filmen fokuserer på disse hendelsene som forandret livet til mange, og krigens ødeleggende virkning på to unge dristige piloter Rafe og Danny og en vakker sykepleier Evelyn. Rafe og Danny er to venner som har vokst opp som brødre, og som nå er kampflygere i det amerikanske flyvåpenet. Rafe treffer sykepleieren Evelyn som han blir forelsket i. Men idet forholdet deres får luft under vingene, melder Rafe seg frivillig til det britiske flyvåpenet for å kjempe mot Tyskland og Evelyn forflyttes til flåtebasen Pearl Harbor på Hawaii.

Helen Hunt og Bill Paxton spiller forskere på jakt etter det mest ødeleggende uværet som har feid over Tornado Alley i Amerika på 50 år. Ved å plassere elektroniske sensorer inne i tornadoen, håper stormjegerne å skaffe tilstrekkelige data til å lage et bedre varslingssystem. Men for å få det til, må de møte tornadoen på dødelig hjemmebane. Jakten er i gang!