פרדי חולם להיות אקרובט והוא וחבריו מצטרפים לקרקס באטלנטיק סיטי. באותו זמן, איש הזאב מפחיד את המשתתפים וגונב תכשיטים מהצופים. כעת, על סקובי וחבריו לפתור את התעלומה.
מיה (אריקה לינז) אישה צעירה בעיירה קטנה במערב התיכון הלכה ערב אחד לקרנבל. ליצן שקט דוחק בה לבקר את הקרקס של הקרנבל ולראות את הלוליין (איגור זריפוב), האטרקציה של התכנית. היא מוקסמת מהלוליין, אך במהלך המופע הוא מפספס את השרשרת בה תפס ונשמט לקרקע. היא ממהרת לעזור לו, אבל אז הקרקע תחתם קורסת והם נשאבים מטה אל העולם החלומי של קרקס שמש (Cirque du Soleil). בנפרד, הם עוברים דרך אוהלי העולמות השונים ומנסים למצוא זה את זה, תוך כדי שהם מתקשרים ביניהם ע"י האמנים והמופעים המוזרים והנפלאים של קרקס שמש. לאחר שמצאו זה את זה, מיה והלוליין מבצעים לסיום חיזור אווירי. הסרט הוצג לראשונה בפסטיבל טוקיו באוקטובר 2012, וגרסת התלת מימד זכתה להערכה רבה המבקרים. הסרט כולל קטעים משבעה מופעים של Cirque du Soleil שרצו בלאס וגאס ב-2011: O, Mystere, Ka, Love, Zumanity, Viva Elvis ו-Criss Angel Believe.
אלכס האריה מלמן הג'ירף גלוריה ההיפופוטמית ומרטי הזברה מגיעים לאירופה ונתפסים על ידי המשטרה. במהלך המרדף הם וחבריהם הפינגוינים הקופים והלמורים מוצאים הסוואה בתוך קרקס נודד שהוא גם הפיתרון הכי טוב בשביל לחזור הביתה לניו יורק במהלך השתתפותם בקרקס החבורה מכירה את ויטלי נמר רוסי שחצן וקוטר גיאה ברדלסית דרום אמריקאית טובת לב ואמיצה ואת סטפנו כלב ים איטלקי שמח ומשועשע ביחד איתם המדגסקר מעלים מופע מהסרטים שכמוהו עוד לא נראה!
חייו של אוון הם מעגל אין סופי של עבודה, אוכל ושינה. המעגל הזה לא מאפשר לו להתראות עם אשתו זואי, או עם בתו בת ה-3 מקנזי. הוא מרגיש שחייב לעשות שינוי אחרת הדברים יהפכו לבלתי נסבלים לחלוטין... יום אחד, אוון מגלה לפתע שדוד שהוא לא ידע עליו (באפלו בוב... איש הקרקס המגניב ביותר במערב) נפטר... והשאיר לו קרקס! מה שיכול היה להיות ברכה.... במהרה מתברר כקללה.
טיגריס בורח ממשאית קרקס כשהיא עוברת ליד עיירה קטנה, ומסתתר ביער הסמוך. השמועה מעוררת בהלה אצל תושבי העיירה וכולם רוצים שהחיה תמות באופן מיידי, למעט בתו של השריף. היא מצידה רוצה ללכוד את הטיגריס ולשים אותו בגן חיות, ובכך להציל את חייו.