뭄바이의 어부 라케시와 가네시는 콜리 족의 가르침을 계승해왔지만, 전통적인 콜리 어부의 방식을 고수하는 라케시와는 달리 가네시는 신기술을 받아들이게 된다. <조류를 거슬러>는 기후 변화로 인해 점점 더 인간에게 적대적으로 변해가는 바다를 배경으로 형제처럼 가까운 두 사람의 우정과 깊어지는 원망에 관한 이야기를 그려낸다.

미지의 세계, 바닷속으로 떠나는 익사이팅 모험. 바닷속 모험을 떠나는 ‘바다거북’과 함께 파워맨 '향유고래', 채식주의자 '바다소', 나뭇잎 닮은 '나뭇잎 해룡', 바다 멋쟁이 '쏠베감펭' 등 다양한 바다생물들을 만나며 그동안 상상만 해 오던 바다세계를 직접 체험한다.

메가 해머헤드 닐 해머슐라그 박사와 그의 연구팀은 길이가 6m까지 자랄 수 있고 무게가 450kg까지 나갈 수 있는 가장 희귀종인 거대한 큰귀상어를 찾아 이 불가사의한 상어에 대해 더 알아보는 연구를 시작한다.