Mei, 4 ans, et Satsuki, 10 ans, s’installent à la campagne avec leur père pour se rapprocher de l’hôpital où séjourne leur mère. Elles découvrent la nature tout autour de la maison et, surtout, l’existence d’animaux étranges et merveilleux, les Totoros, avec qui elles deviennent très amies. Un jour, alors que Satsuki et Mei attendent le retour de leur mère, elles apprennent que sa sortie de l’hôpital a été repoussée. Mei décide alors d’aller lui rendre visite seule. Satsuki et les gens du village la recherchent en vain. Désespérée, Satsuki va finalement demander de l’aide à son voisin Totoro.
Un pouvoir mystérieux transporte Gintoki dans un avenir où il n'existe pas. Il se retrouve là dans les rues d'une Edo en ruine. Les seuls gens étant restés sur la Terre désolée sont les pauvres, les Jouishishi qui tentent d'anéantir le gouvernement, les voyous qui profitent du relâchement de la loi, et ceux qui ont obstinément refusé de fuir alors que la fin approchait. Alors qu'il erre, Gintoki rencontre deux jeunes gens. Un jeune homme à lunettes portant un sabre de bois marqué « Lac Touya », réglant son compte à une bande de voyous, puis une jeune femme portant des habits chinois aux mêmes motifs que les siens, accompagnée d'un chien gigantesque : ce sont Shinpachi et Kagura devenus adultes. Il découvre alors petit à petit cet avenir radicalement différent ainsi que la choquante vérité.
Astra Ludger Doomsday, ancien capitaine des chevaliers royaux, a finalement réalisé son vœu le plus cher : se retirer et utiliser ses économies pour obtenir sa propre maison. Cependant, peu de temps après son arrivée dans sa nouvelle maison, une jeune fille s'écrase chez lui. S'appelant Noah, elle est une apprentie sorcière et semble confondre Astra avec une autre personne.
Anna, jeune fille solitaire, vit en ville avec ses parents adoptifs. Un été, elle est envoyée dans un petit village au nord d’Hokkaïdo. Dans une vieille demeure inhabitée, au cœur des marais, elle va se lier d’amitié avec l’étrange Marnie…
Dans un Japon futuriste régi par l'Internet, le major Motoko Kusunagi, une femme cyborg ultra-perfectionnée, est hantée par des interrogations ontologiques. Elle appartient, malgré elle, à une cyber-police musclée dotée de moyens quasi-illimités pour lutter contre le crime informatique. Le jour où sa section retrouve la trace du 'Puppet Master', un hacker mystérieux et légendaire dont l'identité reste totalement inconnue, la jeune femme se met en tète de pénétrer le corps de celui-ci et d'en analyser le ghost (élément indéfinissable de la conscience, apparenté à l'âme) dans l'espoir d'y trouver les réponses à ses propres questions existentielles...
L'aventure fait place à l'action avec l'apparition de Mewtwo, un Pokémon de laboratoire créé avec l'ADN de Mew, l'un des Pokémon les plus rares qui soient. Après s'être échappé du laboratoire, Mewtwo est déterminé à prouver sa supériorité : il invite les meilleurs Dresseurs à un combat de Pokémon sans pareil, et bien sûr, Sacha et ses amis sont ravis de relever le défi. L'enthousiasme de Sacha se transforme en colère lorsque Mewtwo décide de cloner les Pokémon des enfants et rétablir l'équilibre entre les Pokémon et leurs Dresseurs. Malgré Sacha, Mewtwo refuse de croire que Pokémon et humains peuvent être amis. Mais face à un jeune Dresseur et à la loyauté de son Pokémon, Mewtwo devra changer de plan et se mesurer à la puissance du mystérieux Mew !
Lupin s'infiltre dans une exposition dédiée à l'ancienne civilisation de Shaharta pour y dérober le fameux trésor des shahartiens. Mais tout ne se passe pas comme prévu, d'autres voleurs volent le trésor avant lui et laissent sur place... un bébé. Lupin, accompagné de son nouveau compagnon, va tout faire pour retrouver ces voleurs.
Après qu'une expérience scientifique ait conduit à la création d'un clone de Mewtwo, il entreprend de détruire le monde. Ash et ses amis décident alors de déjouer les plans diaboliques de Mewtwo...
Alors que Pop doit se rendre dans le monde magique pour passer un examen de magie, Hana la suit. En essayant de la rattraper, Pop découvre dans le jardin de la reine une fleur différente des autres. Curieuse, Pop cueille la fleur et la rapporte dans le monde des humains. Seulement, cette fleur est la "Witch Queen Heart", une fleur très rare qui a le pouvoir d'exaucer les vœux. Si le vœu est bon, la fleur restera blanche, mais si le vœu est mauvais, elle changera de couleur et finira par se répandre dans toute la ville, réalisant les vœux de tout le monde. Après une dispute avec sa sœur, Doremi, Pop souhaite qu'elle cesse d'être une sorcière et devienne un rat, ce qui fait changer la fleurdecouleur.Commence alors une course contre la montre pour retrouver Doremi et empêcher la fleur de causer des dégâts.
La bataille finale et les révélations seront un peu plus nombreuses que dans la série. Les noms des parents de Kira y sont dévoilés, ainsi que le visage de Raw le Creuset.