År 1944. Vi befinner oss i det okkuperte København. Mens resten av landet håper at krigen snart skal ta slutt, er motstandsbevegelsens menn ’Flammen’ (Thure Lindhardt) og ’Citronen’ (Mads Mikkelsen) Holger Danske-gruppens mest effektive våpen, under skarpt oppsyn av politisjef Winther (Peter Mygind). Når Flammen beordres til å henrette sin kjæreste, Ketty (Stine Stengade), blir han imidlertid i tvil. I kampen for landets frihet er sonene grå, og det blir vanskeligere og vanskeligere å skille mellom venner og fiender…

Jerry lever i frykt for en fortid han ikke husker. Innimellom dukker det opp minner så virkelige, så skremmende og så uhyggelige at hen er sikker på at det ikke er innbilning; det er onde mennesker der ute som følger med ham og ønsker noe av ham. Han vet bare ikke hva. Men han har kommet frem til en rekke sammensvergelsesteorier som han mener viser at "de" har kontroll og at vi alle er offer for et forferdelig komplott. Han prøve å få innpass hos regjeringsadvokaten Alice, som på sin side aldri har akseptert den offisielle forklaringen på farens død og hvem som drepte ham. Først avviser hun Jerry, men skjønner etterhvert at det ligger et eller annet i hans teorier og velger å lytte til ham. Fra det øyeblikket svever de i livsfare. Men hvorfor?

Snake Eyes tas i mot i den japanske klanen Arashikage etter å ha reddet arvingen deres Storm Shadow, og slutter seg nå til kampen mot terroristgruppen Cobra. Under maksimalt press vil Snake Eyes utvikle seg til den ultimate krigeren.

Mr. Miyagi og Daniel ta en tur til Okinawa for å besøke Mr. Miyagi sin døende far. Etter ankomst finner Mr. Miyagi at han fortsatt har følelser for en gammel kjærlighet. Dette vekker problemer med en gammel rival som han opprinnelig forlot Okinawa for å unngå. I mellomtiden, møter Daniel en ny kjærlighet og får også noen fiender.