Odkąd był dzieckiem, Charles Farmer (Billy Bob Thornton) miał tylko jeden cel: zostać astronautą. Zdobył wykształcenie w technologii powietrzno-kosmicznej i dołączył do Air Force jako pilot. Wkrótce Farmer brał udział w treningowym programie NASA i radził sobie całkiem dobrze, gdy nagle rodzinna sytuacja zmusiła go do porzucenia marzenia i powrotu do domu - kończąc tym samym jego karierę.

Druga odsłona sagi o Planecie Małp zaczyna się dokładnie w momencie zakończenia jej części pierwszej. Taylor wraz z Novą przemierzają terytorium "zakazanej strefy". W tym samym czasie kolejny astronauta - Brent, rozbija się na powierzchni planety. Mężczyzna spotyka jadącą samotnie konno Novę. Dociera z nią do Miasta Małp, gdzie od Corneliusa i Ziry dowiaduje się o Taylorze. Ruszając jego śladem trafia do tytułowych podziemi Planety Małp, gdzie wciąż żyje ocalała z atomowego ognia garstka ludzi. Tymczasem wojownicze goryle ruszają z potężną armią do "zakazanej strefy", przeciwko tejże resztce ludzkości. Krwawa konfrontacja jest nieunikniona.

Po powrocie na Ziemię, z udanej pierwszej wyprawy na Marsa, Ross zaczyna zauważać zmiany w swoim samopoczuciu i zachowaniu. Nikt nie podejrzewa, że stał się nosicielem zarodków obcej formy życia, która zmienia go fizycznie i psychicznie. Wkrótce Ross staje się siejącym śmierć potworem. Jedyną nadzieją na jego schwytanie staje się eksperyment dr Baker, która w swoim instytucie stworzyła niegdyś Sil (znaną z filmu "Gatunek"). Z jej DNA powstała Eve, która może pomóc w rozwiązaniu problemu.

Do NASA docierają tajemnicze sygnały z Układu Słonecznego. Organizacja wysyła astronautę na wieloletnią misję. Może się okazać, że świat nie jest gotowy na przyjęcie wyników przeprowadzonych przez niego badań.

Guy jest doświadczonym brytyjskim pilotem myśliwskim, który dowodzi pierwszą załogową misją Wielkiej Brytanii w kosmos. Trenował przez trzy lata u szczytu zimnej wojny, a teraz jest sam w uszkodzonej kapsule. Ma ograniczony kontakt z Ziemią, czy ktoś mu pomoże?