를르슈는 나이트 오브 세븐이 된 스자쿠와의 약속을 지키기 위해 어린 시절 그와 함께 지냈던 집을 찾아간다. 그러나 갑자기 나타난 브리타니아 군이 무방비 상태의 를르슈를 붙잡는다.

정체 모를 누군가에게 어머니가 살해당한 후 ‘신성 브리타니아 제국’에서 쫓겨난 황태자 를르슈. 그는 신성 브리타니아 제국에 점령 당한 일본 - 에어리어 11에서 그 정체를 숨기면서 살고 있다. 어머니를 죽게 하고, 여동생 나나리의 눈과 다리의 자유를 빼앗은 신성 브리타니아 제국이 전복되면서 수수께끼의 미소녀 C.C.가 나타나고, 를르슈는 그 야망을 실현하기 위해 움직인다.

지구연방군 이오 플레밍과의 싸움을 제압한 지온공국군의 데릴 로렌츠는 빼앗긴 사이코 자쿠의 정보를 찾기 위해 투쟁을 계속하는 지온잔당군의 일원이 되어 지구에서 첩보활동을 벌이고 있었다. 한편 이오는 새로운 동료와 함께 ‘썬더볼트 작전’에 참가하게 되고, 그러던 이오의 앞에 남양동맹의 국경 수비대 대장을 자처하는 클로디아 페일 중령이 나타난다. 이윽고 갈등은 지온잔당군, 지구연방군, 남양동맹까지 겹치면서 세 진영의 모빌슈트전으로 발전한다.

자원이 고갈된 지구를 구하는 에너지인 '포톤 배터리'. 지구에서는 제조할 수 없는 에너지 장치의 공급원으로 향하기 위해 지구권을 떠난 베를리 제남, 아이다 술간 등이 승함하는 메가파우나는 마침내 목적지인 금성 주역에 있는 비너스 그로브에 도달한다.지구로의 귀환=레콩기스타 작전을 목표로 하는 지트단과의 싸움을 거쳐, 아이다는, 「포톤·배터리」의 생산과 공급을 독점하고 있는 단체 「헤르메스 재단」의 라·구 총재와의 회담의 기회를 얻는데….