Nachdem Doc Brown am Ende des ersten Teiles Marty mit in die Zukunft genommen hat, sieht er nun selbst, was aus ihm werden wird - ein abgehalfterter Angestellter, der am Ende der Karriereleiter steht.Marty und Doc Brown versuchen, der Zukunft einen kleinen Schubser in die richtige Richtung zu geben. Doch Biff gibt seiner eigenen Zukunft durch einen Fehler Martys eine neue Wendung - und dieser Fehler muß nun ausgebügelt werden...

Ohne es zu wissen, landet Chekov auf dem Planeten, auf den Kirk einst Khan verbannte. Der zwingt den Russen, seinen Ex-Captain herzulocken. Zugleich hat Khan es auf das Projekt Genesis abgesehen, das Kirks einstige Liebe Dr. Marcus zusammen mit ihrem gemeinsamen Sohn leitet. Es soll die Schöpfung fruchtbarer Welten auf öden Planeten ermöglichen. Als Kirk mit einer Enterprise voller Neulinge eintrifft, greift ein Föderationsschiff an. Khan führt dort das Kommando…

Bei einer Aktion militanter Tierschützer wird in London ein tödlicher, sich rasend schnell verbreitender Virus freigesetzt, der friedliche Menschen innerhalb von Sekunden in mörderische Bestien verwandelt. 28 Tage nach der Katastrophe machen sich vier Überlebende auf den Weg nach Manchester, wo eine kleine Armee-Einheit angeblich Herr der Lage sein soll. Die Reise durch das verwüstete Großbritannien erweist sich als überaus gefährlich. Auf der Militärbasis angekommen, müssen Jim, Selina, Hannah und Frank erkennen, daß das schlimmste erst noch vor ihnen liegt.

Ein Mann, der sich Prot nennt, landet wegen seines auffälligen Verhaltens in der Psychiatrie. Er gibt an, von einem Planeten namens K-Pax zu stammen. Sein Psychiater Dr. Powell versucht ihn davon zu überzeugen, dass das falsch ist. Doch Prot zeigt außergewöhnliche Fähigkeiten.

Obwohl sie als Abtrünnige gelten, kehrt die Mannschaft der U.S.S. Enterprise zur Erde zurück. Sie stellen sich der Anklagen für die Taten, die sie im Laufe von Spocks Rettung begangen haben. Während sie noch im Anflug sind, wird die Erde von einer außerirdischen Sonde verwüstet. Sie verlangt Antwort von einer Lebensform, die nicht länger existiert. Kirk und seine Crew begeben sich an Bord eines gekaperten klingonischen Bird of Prey auf eine Reise durch Raum und Zeit, um die Erde zu retten. Sie entdecken dabei die wahre Bedeutung von Freundschaft wieder.

Ein Seeungeheuer soll auf allen Meeren Schiffe angreifen. Ein Kriegsschiff wird ausgerüstet, um das Ungeheuer zu stellen. Das Ungeheuer greift das Schiff an, beschädigt dieses schwer und der Meeresforscher Perre Aronnax, sein Diener Conseil und der Harpunier Ned Land gehen über Bord. Sie stoßen auf das Seeungeheuer, das in Wahrheit ein Unterseeboot ist.

Spock ist tot! Die Stimmung unter seinen früheren Freunden ist entsprechend gedrückt. Auch Pille nimmt sich den Tod seines liebsten Diskussionspartners schwer zu Herzen, trotzdem verwundert es Kirk sehr, als er ihn in Spocks Kabine ertappt und ausgerechnet er sich genauso wie der tote Vulkanier benimmt. Kirk erfährt von Spocks Vater Sarek, dass Spock versucht haben muss, vor seinem Tod seinen Geist in jemand anderes zu übertragen – in McCoy? Tatsächlich finden Saavik und Kirks Sohn David Marcus, die beide auf dem Planeten Genesis zurückgeblieben sind, Spocks leeren Sarg und entdecken in der Nähe ein vulkanisches Kind ohne Gedächtnis, das rasant heranwächst…

Vor Jahren hatte er sich seine Opfer dort gesucht, wo die Welt am unwegsamsten ist – tief im südamerikanischen Dschungel. Heute hat er ein anderes Jagdrevier gefunden – den Dschungel von Los Angeles. Mitten im heißesten Sommer schlägt der Predator wieder zu: Menschen verschwinden, verstümmelte Leichen stacheln die bis an die Zähne bewaffneten Drogenmafia-Gangs zu einem blutigen Bandenkrieg an. Los Angeles verwandelt sich in einen Schlachthof. Der totale Zusammenbruch scheint unaufhaltsam. Angst und nackter Terror beherrschen die Stadt. Nur der Polizei-Sergeant Mike Harrigan will sich nicht damit abfinden, ein leichtes Opfer zu sein. Er stellt sich dem übermächtigen Unbekannten.

Captain Kirk, Spock und "Pille" McCoy machen gemütlich Urlaub auf der guten alten Erde; währenddessen geht auf der funkelnagelneuen Enterprise alles drunter und drüber, weil längst noch nicht alles funktioniert wie es soll. Mitten in dieses Chaos platzt ein verrückter Vulkanier namens Sybok, der die Enterprise entführt, um ins Zentrum des Universums vorzudringen. Sein Ziel heißt Shkari, der Planet der hinter den Grenzen liegt, die noch kein Sterblicher überschritten hat. Der fanatische Sybok glaubt fest daran, dass er auf Shakari dem Schöpfer allen Lebens gegenübertreten wird - Sybok sucht Gott. Für Kirk und Co. bedeutet dies der Anfang der erstaunlichsten Reise, die die Enterprise und ihre Besatzung jemals unternommen haben...