Il boss Anjo viene ammazzato da un misterioso killer in maniera estremamente truculenta, ma nessuna traccia viene lasciata. Per ritrovare Anjo, convinto che sia ancora vivo, il folle e sadico Kakihara, suo vice, accetta il consiglio dell'enigmatico informatore Jijii e per questo rapisce e tortura Suzuki, capo di un banda rivale, che si dimostra però estraneo all'accaduto. Per punizione Kakihara e il suo clan vengono estradati dal sindacato della yakuza di Shinjuku. La caccia non finisce, ed è sempre più complessa per Kakihara che non può immaginare che il killer sia Ichi ("uno"), un ragazzetto timido e complessato che, sotto il condizionamento mentale di un misterioso manovratore, si trasforma in una brutale macchina di morte. Ossessionato dall'idea di confrontarsi con Ichi, Kakihara tortura chiunque dimostri di saper qualcosa sul suo conto mentre il suo rivale continua di nascosto a seminare morte.
Nick (arcigno agente di polizia newyorkese intepretato da Michael Douglas) viene coinvolto insieme al giovane collega Charlie (Andy Garcia) in un caso più grande di lui. Dagli States l'azione si sposta in Giappone ad Osaka, per indagare sulla mafia locale nota come Yakuza. Nonostante la frizione tra i metodi nipponici e dei due yankee, la sinergia darà i suoi frutti. Ma Osaka non è New York.
Yo Hinomura è il killer perfetto, letale e veloce si libera senza esitazione dei nemici della sua organizzazione. L'unica particolarità è che piange dopo ogni omicidio. Per questo viene chiamato il Freeman che piange. In realtà Yo è uno schiavo di un rito ancestrale che gli impone di eseguire gli spregevoli atti che la sua organizzazione criminale gli impone.
Salvando la vita al boss Sawada, il cameriere Ishimatsu Rikuo fa il suo ingresso nel mondo della yakuza. Nell'ambiente è però considerato un cane rabbioso e il suo comportamento gli impedisce di crearsi una cerchia di seguaci fedeli come si converrebbe ad un vero leader. Imprigionato in seguito a un regolamento di conti, Ishimatsu fa amicizia con Imamura, un esponente della gang rivale Giyu, che al termine della condanna di cinque anni viene ad aspettarlo assieme a Chieko, donna a cui Ishimatsu è legato da un tormentato rapporto di amore e violenza. Una notte, credendo che Sawada lo voglia uccidere per aver picchiato dei superiori, non esita a sparare al proprio capo ferendolo gravemente. È la goccia che fa traboccare il vaso...
Eunjin, una leggenda vivente tra i gangster, domina il mondo sotterraneo incentrato sugli uomini brandendo solo un paio delle sue tipiche lame. Un giorno, Eun-jin trova sua sorella da cui è stata separata in un orfanotrofio durante l'infanzia, e sua sorella dice a Eun-jin che il suo ultimo desiderio morente è vedere che Eun-jin si sposi.
Un giovane viene assoldato per reclutare ragazze che lavorino nel quartiere a luci rosse di Shinjuku