Neobyčajný príbeh profesionálneho vraha a mladého dievčaťa. Leon je nájomný vrah, človek, ktorého nedokáže nič zastaviť pred splnením úlohy. Do jeho života vstúpi dvanásťročná Matilda. Rodina nevinnej Matildy bola vyvraždená skorumpovaným policajtom a ona sa rozhodla pre krutú pomstu.
Jednej búrlivej noci vyloví talianska rybárska loď z mora muža, skôr mŕtveho než živého. V chrbte má guľky a pod kožou štítok s číslom bankového konta v švajčiarskej banke. Viac nič. Keď sa mu konečne vráti vedomie, nič o sebe svojim záchrancom nedokáže povedať. Trpí úplnou stratou pamäte. Postupne zisťuje, že ovláda bojové umenia, dohovorí sa v niekoľkých jazykoch a že si poradí s každou zbraňou. To signalizuje veľmi nebezpečnú minulosť. Ale kto a prečo ho chcel zabiť, si vybaviť nedokáže. V zürišskej depozitnej schránke, kam sa vydá akonáhle loď pristane, nájde hneď niekoľko cestovných dokladov, závratne vysokú hotovosť, automatickú pištoľ a meno Jason Bourne s parížskou adresou. Aj keď o sebe stále nič nevie, čoskoro pochopí, že ľudia, ktorí ho poznajú, usilujú o jeho život. A tak Márii, prvému dievčaťu, ktorú stretne, ponúkne 10.000 dolárov za cestu do Paríža. Až tu, s pomocou Márie, ktorej život prevrátil hore nohami, začína skladať prvé kamienky do mozaiky svojej minulosti.
Jason Bourne, bývalý elitný agent CIA, si postupne skladá čriepky svojho života a postupne odhaľuje, že jeho minulosť skrýva rad temných miest. Teraz už konečne stojí na prahu riešenia vlastnej životnej hádanky – bol zabijakom v službách mocnej skupiny vnútri tajných služieb. Z Moskvy prechádza celou Európou až do marockého Tangeru a napokon do New Yorku. Jason sa opäť musí brániť pred vlastnými ľuďmi, ktorí ho chcú za každú cenu zabiť. V ich čele tentoraz stojí Noah Vosen, výkonný riaditeľ programu Blackbriar, poskytujúceho utajenej zložke CIA rozsiahle nelegálne právomoci. Vosen so svojím tímom je prostredníctvom najmodernejšej techniky unikajúcemu Bourneovi ustavične v pätách a likviduje všetkých „nepohodlných" ľudí v jeho okolí. Bývalý špión má však spojencov vnútri organizácie – pomáhajú mu operátorka Nicky Parsonsová a agentka Pamela Landyová. Bourne nakoniec zistí svoje pravé meno a pochopí, ako ho zmanipulovali.
Agentka FBI je zaradená do elitnej vládnej jednotky, ktorá má za úlohu pomáhať vo vojne proti drogám na hranici medzi USA a Mexikom. Je to územie nikoho, kde neplatia žiadne zákony a pre členov tímu sa misia stáva otázkou života a smrti.
Bourne a Mária naďalej žijú v anonymite. Bournea naháňajú nočné mory a spomienky. Vláči Máriu z mesta do mesta. Snaží sa byť vždy aspoň krok pred hrozbou, ktorú tuší v každom pohľade aj v každom telefónnom "omyle", pred nebezpečenstvom, ktoré očakáva v každej sekunde. Ale ohrozenie ho do sveta, z ktorého chcel uniknúť, neustále vracia. Keď sa v pokojnej dedine, ktorá je ich dočasným domovom, objaví tajný agent, Bourne s Máriou miesto narýchlo opúšťajú. Začne nová globálna hra na mačku a myš a Jason Bourne sa musí vrátiť k svojej minulosti, aj keď tajná operácia Treadstone, ktorá vytvárala profesionálnych zabijakov, už skončila. Pred rokmi Bourneovi povedali, že nesmie s nikým nadviazať kontakt. Minulosť sa prihlásila sama. Mali ho nechať na pokoji.
V Rijáde príde k samovražednému teroristickému útoku, pri ktorom zahynú desiatky ľudí. Do Saudskej Arábie pricestujú štyria špeciálni agenti FBI pod vedením Ronalda Fleuryho (Jamie Foxx), aby vyšetrili smrť dvoch kolegov. Misia s osobným podtextom sa mení na krajne nebezpečnú akciu, komplikovanú všadeprítomnou nenávisťou a neochotou na spoluprácu ako z amerických, tak aj z arabských oficiálnych miest, pretože tamojší úradníci, armáda a civilisti sú s teroristami previazaní.
Agent Oakes a Kevin Pope sú agentmi CIA, ktorí sa usilujú zabrániť, aby sa do nesprávnych rúk dostala kufríková atómová bomba. Jediný spôsob, ako sa im to môže podariť, je predstierať, že sú potenciálnymi kupcami. Kevin Pope ako pražský obchodník so starožitnosťami Michael Turner si získa dôveru ruského mafiána Adrika Vasa. Pope predstaví Vasovi Oakesa ako bohatého záujemca o kúpu. Uprostred rozohranej partie Kevin však tragicky prichádza o život. CIA naplánuje vyhľadať Kevinovho blíženca menom Jake. Dvojičky boli oddelené bezprostredne po narodení a na Oakesovi je teraz, aby zistil, či je Jake schopný vkĺznuť do Kevinovej úlohy a pomôcť dokončiť misiu. Hoci je Jake inteligentný a šikovný, vychovávala ho ulica. A tak premena nebude ľahká..
Nájomného vraha, ktorý zavesil svoje remeslo na klinec, doženie jeho minulosť a musí sa opäť stať krutým zabijakom. Je nútený zabiť naposledy, aby napravil svoju predchádzajúcu chybu.