에도 시대 아이즈 번. 영주의 첩인 이치는 아들을 낳은 후 성에서 쫓겨나 사사하라 가문의 큰아들과 강제로 결혼하게 된다. 세월이 흘러 이치의 아들이 후계자가 되자 성에서는 이치를 다시 데려가려 하고, 사사하라는 영주의 불합리한 처사에 분노해 아들과 함께 반란을 일으키는데...

늦은 밤, 몇몇 젊은이들이 외딴 집에 모여 그들의 성에서 일어나고 있는 부패를 소탕하기로 결의한다. 하지만 곧 그들은 또 한 명의 낯선 사람이 자신들의 얘기를 엿듣고 있다는 것을 알아챈다. 그는 산주로라는 이름의 떠돌이 사무라이로, 그 젊은이들이 잘못된 판단을 하고 있다며 비웃는다. 하지만 결국 그는 이 슬기롭지는 않지만 정의로운 젊은이들과 뜻을 같이하기로 하는데...

전란의 불꽃이 꺼지지 않은 일본 전국시대, 불로불사의 꿈을 이룰 수 있는 선약(仙藥)의 비밀을 가진 소년 ‘코타로’를 쫓아 금발의 푸른 눈을 가진 무사 ‘라로우’를 비롯한 명나라 최정예 무장집단이 일본에 상륙한다. 스스로 검을 봉인해버린 정체 불명의 무사 ‘나나시’는 우연히 소년을 위기에서 구해준 후 숨막히는 추격전에 끼어들게 된다. 난세의 운명을 뒤바꿀 ‘코타로’를 둘러싸고 최강의 두 검객 ‘나나시’와 ‘라로우’는 피할 수 없는 대결을 펼치게 되는데…

근미래 서기 2205년, 역사를 바꾸려는 역사수정주의자들과 역사수호자 도검남사들의 싸움이 시작된다. 1582년 혼노지의 밤, ‘아케치 미츠히데’에 의해 ‘오다 노부나가’가 암살당하는 날. 역사수정주의자들은 ‘노부나가’를 살리기 위해 시간역행군을 과거로 보내고, 수장 ‘미카즈키’와 도검남사들은 이들을 막기위해 혼노지로 출동한다. 치열한 전투 끝에 도검남사들은 임무를 완수하고 돌아오지만 얼마 지나지 않아 ‘노부나가’가 여전히 살아있음을 알게 되는데…

야간 경비원 근무 첫날 밤, 박물관이 살아 움직이기 시작했다?! 엉뚱한 사업 아이템으로 하는 일 마다 늘 실패만 하는 래리 델리(벤 스틸러 분). 그를 더 이상 견뎌내지 못한 부인이 곁을 떠나자 래리는 하나 밖에 없는 아들에게만큼은 떳떳한 아버지가 되기 위해 직장을 찾아 나선다. 별 볼일 없는 그에게 온 유일한 기회는, 모든 사람들이 기피하는 자연사 박물관 야간 경비원. “아무것도 내보내지 말라”는 선배 경비원의 기이한 충고를 들은 근무 첫 날 밤, 래리는 박물관의 전시물들이 살아 움직이는 놀라운 광경을 목격한다. 밤마다 살아나는 박물관! 과연 여기에는 무슨 비밀이 있는 것일까?? 박물관 전시품들은 매일 밤 제멋대로 움직이며 래리를 괴롭힌다. 마야인들, 로마의 글래디에이터들, 카우보이들이 살아나 그들끼리의 전쟁을 벌이기 시작하고, 네안데르탈인은 자신의 디스플레이 케이스를 불태우고, 가장 포악한 공룡 티라노사우루스는 래리를 못 잡아 먹어 안달이다. 이런 대혼란 속에서 래리가 상담할 상대는 왁스 모형인 루즈벨트 대통령(로빈 윌리엄스 분)뿐. 아들을 위해 어떤 역경 속에서도 박물관을 무사히 보호해야만 하는 래리는 첫 날 선배들에게 들었던 충고가 잊혀지지 않는다. 과연 이 박물관에는 무슨 비밀이 있는 것일까?

400년간 앙숙으로 지내온 이가 츠바가쿠레 부족과 코우가 부족. 두 일족은 특별한 능력을 지닌 닌자를 배출해온 시노비 일족들이다. 핫토리 한조의 부전(不戰)의 약정으로 인해 전쟁 없이 명맥을 이어오던 두 부족은 도쿠가와 이에야스의 후계자 결정에 휘말리면서 부전의 약정을 깨고 닌자의 인법을 사용하여 서로 전쟁을 시작한다. 한편 코우가의 차기 수장 겐노스케와 이가 츠바가쿠레의 차기 수장 오보로는 결혼을 약속한 사이이지만 두 부족 간의 전쟁이 시작되면서 두 사람의 관계는 한 치 앞을 내다볼 수 없는 운명의 소용돌이에 휘말리게 되는데…

사카구치 타쿠는 동료들과 함께 자신을 데려가기로 한 사람이 기다리고 있는 장소로 가지만, 이들을 기다리고 있던 남자들은 보스가 오기를 기다려야 한다고만 말한다. 초조해하던 그들의 앞에 미사카 치에코라는 여자가 나타난다. 타쿠는 치에코를 본 순간 어디선가 그녀를 본듯한 느낌에 사로잡히고, 다른 남자가 그녀를 함부로 대하는 것을 보고 분노하여 그들에게 달려든다. 그러나 총을 가지고 있던 상대방에게 밀린 타쿠는 치에코와 함께 숲 속으로 도망가고, 그 곳에서 신비한 경험을 하게 된다.

타타라는 최고의 강철을 만드는 마을이다. 강철의 장인으로 선택된 ‘고스케’는 사무라이가 되고 싶어 ‘오다 노부나가’의 부대에 들어가지만 참혹한 전쟁을 겪고 마을로 돌아온다. 전쟁의 시대, 무기가 필요한 부대가 강철을 노리고 마을로 쳐들어 온다. ‘고스케’는 방어막을 세우고 마지막 대결을 준비한다. 정통 사무라이 액션을 기대하라!