Po teroristickém útoku v Johokamě panuje obří zmatek. Nikdo není schopen určit další kroky teroristů, z nichž někteří mohou mít i značný vliv, jelikož pravděpodobně zastávají vysoká místa v armádě. Hlavním tématem příběhu je status Japonska, které se výborně ekonomicky, politicky a technologicky rozšiřovalo bez toho, aniž by se zapletlo do dalších válek poté, co bylo okupováno spojenci na konci Druhé světové války. Nastává tedy pochmurný politický thriller, kdy jeden teroristický útok dokáže policejní i vojenské složky pořádně rozhodit.

Spousta konstrukčních robotů Laborů se z neznámých důvodů porouchala. Se zvyšujícím se chaosem v Tokiu je odhaleno, že tyto nehody se točí okolo Projektu Babylon, japonským plánem vybudovat umělé ostrovy v Tokijském zálivu. Věci se navíc komplikují tím, že hlavní architekt spáchal sebevraždu, když skočil do rozbouřených vln právě z okraje Archy, prvního ostrova. Jak vyřeší policie, konkrétně Sekce 2, tyto poruchy, když se proti nim mohou vzbouřit i jejich vlastní Labory?

Ne příliš stylově oblečený kreslený hrdina Naruto, oplývající velkou silou ve skrytých bojových schopnostech s několika sobě podobnými kumpány při plnění úkolu pro jednoho starce narazí na maskovaného bojovníka, co by pravou ruku usměvavého pána, který chce ovládnout svět. Jak se příběh odvíjí, Naruto zjišťuje cosi prohnilého v plánech mile vyhlížejícího pána. Ukáže se, že touží získat neomezenou moc skrytou ve vzácném kameni zvaném Gelel. Naruto se svými společníky pobije megalomanovu osobní stráž v podobě mutujících krásek a vše vyvrcholí v podzemí, kde svede finální bitvu se zmutovaným, kdysi přívětivým postarším pánem.