Dutch e o seu grupo de comandos são enviados numa missão à selva da América Central, a fim de salvarem alguns pilotos capturados pelos terroristas. Contudo, ao chegarem lá, deparam com os pilotos barbaramente assassinados. Mais tarde descobrem que algo de terrível e invisível os persegue... Caçados como animais por um inimigo que eles não podem ver, Dutch e o seu grupo vão ter de sobreviver na selva, antes de serem todos dizimados...
Eles são da máfia e um casal. A vida secreta dos dois corre risco de ser revelada quando a família decide os fazer uma visita.
Murdoch, um poderoso magnata com pouco tempo de vida, programa uma experiência com néctar de orquídeas sanguíneas com propriedades regeneradoras e testa-o numa cria de Anaconda. Como resultado, a cria desenvolve-se muito rapidamente e transforma-se num monstro aterrorizante, com um apetite voraz e grande poder de regeneração. Entretanto, a herpetóloga Amanda, que ajudara a criar os répteis ameaçadores e agora procura destruí-los, está à frente de uma equipa de cientistas que enfrenta as forças de segurança de Murdoch com o objectivo de apreender as referidas orquídeas e impedir que o pior aconteça.