Bourne a Mária naďalej žijú v anonymite. Bournea naháňajú nočné mory a spomienky. Vláči Máriu z mesta do mesta. Snaží sa byť vždy aspoň krok pred hrozbou, ktorú tuší v každom pohľade aj v každom telefónnom "omyle", pred nebezpečenstvom, ktoré očakáva v každej sekunde. Ale ohrozenie ho do sveta, z ktorého chcel uniknúť, neustále vracia. Keď sa v pokojnej dedine, ktorá je ich dočasným domovom, objaví tajný agent, Bourne s Máriou miesto narýchlo opúšťajú. Začne nová globálna hra na mačku a myš a Jason Bourne sa musí vrátiť k svojej minulosti, aj keď tajná operácia Treadstone, ktorá vytvárala profesionálnych zabijakov, už skončila. Pred rokmi Bourneovi povedali, že nesmie s nikým nadviazať kontakt. Minulosť sa prihlásila sama. Mali ho nechať na pokoji.
Jeff a Amy Taylorovci sú šťastný manželský pár. Cestujú naprieč krajinou z Bostonu do Kalifornie. Na benzínovej pumpe si ich luxusný džíp všimne šofér Earl, s ktorým má Jeff malý konflikt. Neskôr sa im však pokazí auto v Nevadskej púšti a pomoc im ponúkne vodič kamiónu Red Barr, ktorý sľúbi, že odvezie Amy k najbližšiemu motelu, odkiaľ môže zavolať pomoc. Keď však Jeff zistí, že poruchu na ich aute spôsobil niekto úmyselne, ponáhľa sa do motela za manželkou. Amy však v moteli nikto nevidel. Jeff preto doženie kamión, avšak Barr tvrdí Jeffovi aj policajnej hliadke, že jeho ženu nikdy v živote nevidel. Policajti sa preto jeho prípadom odmietajú zaoberať a neveria Jeffovmu podozreniu, že ide o únos. Jeffovi teda neostáva iné, len sa vydať po stopách Amy celkom sám.
Reportérka amerického denníka Chicago Sentinel prichádza do pohraničného mexického mesta Juarez, aby priamo na mieste napísala článok o sérii tajomných vrážd, ktorých obeťami sú mladé robotníčky. Keď objaví stovky obetí, získa si síce dôveru miestnych robotníčok, ale sama sa dostane do ohrozenia.
Sidney Prescottová si zmenila meno, usadila sa v horskom dome v Monterey a pracuje z domova na linke ženského krízového centra. Desivé udalosti, ktoré prežila na vlastnej koži, inšpirovali hollywoodskych filmárov natoľko, že podľa nich pripravujú natáčanie hororu. A to je chvíľa, kedy znovu začne vyčíňať nebezpečný zabijak, ktorý používa rovnaké rekvizity - desivú masku, kostým a menič hlasu.
Bill Peterson je skúsený policajný veterán, ktorému zostáva už len pár týždňov služby pred odchodom do dôchodku. U polície s ním na rovnakom oddelení pracuje aj jeho syn Jake. Situácia sa dramaticky vyhrotí, keď je pri jednej akcii proti priekupníkom drog zabitý ich kolega, ktorý sa pokúsil odhaliť nebezpečný drogový gang. Na vlastnú päsť sa púšťajú do pátrania, tentoraz sa však zdá, že narazili na sústo oveľa väčšie, než dokážu zvládnuť.