Viimeisimpien Ghostface-murhien jälkeen, neljä eloonjäänyttä jättävät Woodsboron taakseen aloittaakseen uuden luvun elämässään.
X-Menit ovat pieni ryhmä mutantteja, jotka geenimutaatioiden seurauksena ovat saaneet yliluonnollisia voimia. Kyklooppi purkaa energiavirtaa silmistään, Storm hallitsee säätä tahdonvoimallaan. Rogue imee itseensä elinvoimaa kosketuksen kautta. Professori Xavierin (Patrick Stewart) perustama instituutti kouluttaa mutantteja käyttämään erikoiskykyjään paremman yhteiskunnan saavuttamiseksi. Xavierin entinen ystävä, Magneto (Ian McKellen), on kuitenkin ryhtynyt toisen koulukunnan edustajaksi, jonka tavoitteena on tuhota ihmiskunta, sillä hän ei usko ihmisten ja mutanttien mahtuvan samalle planeetalle. Täten Professori Xavierin X-Menit ja Magneton joukot valmistautuvat viimeiseen taisteluun, jossa panoksena on koko ihmiskunnan tulevaisuus.
Ihmisten ja mutanttien välit ovat entistä vihamielisemmät. Vaikutusvaltainen armeijan leivissä työskentelevä agentti Stryker punoo juonia mutanttien pään menoksi ja presidentti joutuu salamurhaajan tulilinjalle. X-Menit saavat riveihinsä muutaman uuden jäsenen ja lähtevät taisteluun vapauden ja tasa-arvon puolesta. Vihollinen on kuitenkin vahvempi, kuin kukaan osasikaan arvata.
Koe X-Men trilogian viimeisen, eeppisen taistelun hämmästyttävä voima. Liity tuttujen mutanttisankareiden ja -pahisten seuraan, ja tutustu aivan uusiin sotureihin - kuten Angel, Beast, Juggernaut ja Colossus - jännittävässä seikkailuspektaakkelissa!Kun kiistanalainen "lääke" mutaatioihin kehitetään, mutantit voivat valita säilyttävätkö supervoimansa vai luopuvatko niistä muuttuen "normaaleiksi". Rauhaa rakastava mutanttijohtaja Charles Zavier (Patrick Stewart) ja hänen militaristinen vastustajansa Magneto (Ian McKellen) valitsevat puolensa, jolloin seurauksena on kaikki sodat päättävä sota.Nonstop toimintaa, sykähdyttävät erikoistehosteet ja mahtavat lisämateriaalit tekevät viimeistä kohtaamisesta luonnonvoiman, joka "räjäyttää tajuntasi!"
Kovaotteinen majuri Reisman saa hoidettavakseen uuden tehtävän. Hänen on valittava kaksitoista rangaistusvankeuteen tuomittua sotilasta, teroitettava heistä eliittitason erikoisjoukko ja johdatettava heidät syvälle vihollislinjojen taakse, kuolemaa pelkäämättä. Onnistuminen tehtävässä takaisin eloonjääneille armahduksen. Tällä kertaa tehtävä on poikkeuksellisen vaarallinen. Likaisen tusinan on tapettava korkea-arvoinen ja tarkasti suojeltu kenraali, joka hautoo Hitlerin salamurhaa. Ja vaikka tehtävä olisikin menestys, pitää Reismanin päästä joukkoineen elävänä kotiin.