جزیره‌ای در جنوب ژاپن. «سوسوکه» پسر بچه‌ای پنج ساله است که همراه مادرش در خانه‌ای کوچک بالای صخره‌ای مشرف به یک شهر کوچک بندری زندگی می‌کند. او با یک ماهی قرمز کوچولوی دختر به نام «پونیو» دوستی پیدا می‌کند که آرزو دارد انسان بشود.
سه بچه به طور اتفاقی معجون ساخته دانشمندی را می‌خورند که آن‌ها را به ماهی تبدیل می‌کند. حال آن‌ها باید معجون پادزهر را طی ۴۸ ساعت پیدا کرده و بنوشند تا به حالت عادی برگردند و در غیر این صورت، برای همیشه ماهی باقی خواهند ماند...