Jako odpowiedź na nieustające ataki Aniołów do walki przystępuje dwóch nowych pilotów. Jednocześnie Rei i Shinji angażują się w ściśle tajny projekt nadzorowany przez organizację SEELE.

Simon i Kamina mieszkają w podziemnym mieście monitorowanym przez wodza wioski. Kiedy Simon natrafia na artefakt i zwierzoludzie atakują z powierzchni, Simon i Kamina buntują się przeciwko nim.

W punkcie kulminacyjnym Wojen Eve, 24 grudnia AC 195 roku, armie Narodu Świata i Białego Kła spotkały się w zaciekłej bitwie. Lider Narodu Świata Treize Khushrenada został zabity, przywódca Białego Kła Zechs Merquise zniknął, a Ziemia została uratowana przed zniszczeniem dzięki interwencji pięciu pilotów Gundam. Będąc świadkami konsekwencji wojny i nienawiści, ludzie na Ziemi i kolonie kosmiczne odłożyli na bok swoje różnice i razem utworzyli nowy rząd światowy. W tym nowo utworzonym Narodzie Zjednoczonej Sfery Ziemi minął rok w pokoju. Rząd i ludność rozbroili się, a prawie wszystkie pozostałe kombinezony zostały zniszczone. Decydując się pójść w ich ślady, piloci Gundam Heero Yuy, Duo Maxwell, Trowa Barton, a Quatre Raberba Winner umieszczają swoje potężne mobilne kombinezony wewnątrz asteroidy i wysyłają je w jednokierunkową podróż na słońce. Ale nawet gdy żegnają się z Gundamami, zbliża się nowy konflikt.

14-letnia Ruka czuje się zagubiona. W szkole nie dogaduje się z koleżankami, w domu kłóci się z mamą, a jej tata całymi dniami pracuje w lokalnym oceanarium. Pewnego dnia Ruka odwiedza go w pracy i poznaje tam intrygującego chłopca o imieniu Umi, który doskonale czuje się pod wodą i pływa bez maski tlenowej niczym ryba. Okazuje się, że chłopiec razem ze swoim bratem Sorą został wychowany w morzu przez diugonie przybrzeżne – duże morskie zwierzęta podobne do manatów czy morsów. Teraz obaj są pod opieką oceanarium. Chłopców łączy niezwykła relacja z morzem, dzięki której są w stanie słyszeć śpiewy wielorybów. Tajemnicze morskie anomalie i niepokojące zmiany w środowisku sprawią, że Umi i Sora podejmą próbę rozwikłania tej zagadki. Pomoże im Ruka, która przy okazji znajdzie swoje miejsce w olśniewającym morskim świecie.

W alternatywnym wyimaginowanym świecie, z technologią porównywalną z lat 60. XX wieku, Shirotsugh Lhadatt jest aspirującym astronautą w świecie, który jest coraz bardziej bezinteresowny w podróżach kosmicznych. W tle jednak rozgrywa się zderzenie dwóch wielkich narodów, a projekt kosmiczny, od bankructwa i na wpół porzuconego, staje się wraz z postępem wydarzeń narzędziem propagandowym do zademonstrowania wyższości jednego supermocarstwa nad drugim.