تقوم مجموعة غامضة من النينجا بهجوم مفاجئ على كونوها ، مما يتسبب في أضرار جسيمة. قد يصبح كابوس حرب شينوبي العالمية الأخرى حقيقة واقعة. ساسكي ، الذي كان لا يزال نينًا مفقودًا من كونوها يحاول قتل شقيقه ، إيتاشي ، يظهر للمرة الثانية أمام ناروتو في مكان غير معروف لمنع حدوث ذلك.

في مجتمع الأرواح، مايوري كوروتسوتشي يهاجمه في معمله شقيقان غامضان يحملان منجلاً يمحو ذاكرته، مع وجود استثناء لبعض الذكريات المهمة جدًا. في حالة فزع، يدمر كوروتسوتشي إحدى آلاته مسببة انفجار طاقة روحية (رياتسو) هائلة يغطي معظم مجتمع الأرواح بطبقة لبنية من الثعابين الضخمة مصنوعة من نوع رغوي خاص من الطاقة الروحية قاتلاً العديد من الشينيغامي ومجمدًا البعض مثل كينباتشي زاراكي. يهاجم الأخوان روكيا كوتشيكي وتُمحى ذاكرتها وذكريات أي شخص عنها، ثم ينقلها الأخوان إلى منطقة متهدمة تسمى روكونغاي. وبالتالي أصبح جميع من في مجتمع الأرواح ليس لديهم أي ذكريات عن روكيا.

أثناء زيارة كلٍّ من كونان وران وسونوكو سوزوكي وفريق المتحرين الصغار برفقة الدكتور أغاسا لبُرج Bell Tree Tower ذو الـ635 مترًا الذي لم يُفتتح للجميع بعد، يقوم قناص مجهول فجأة بقتل أحد الرجال هناك من مسافة بعيدة نسبيًا. يُلاحق كونان وماسومي سيرا التي كانت موجودة هناك القناص بدراجتها النارية، ولكن الأمور تأخذ مُنحنًى عنيفًا بعد أن قام القناص بتفجير مجموعة من سيارات الشرطة. حتى الـمكتب التحقيقات الفدرالي تأخذ دورًا في المُطاردة.

شيبويا، طوكيو، تعج بموسم الهالوين. يقام حفل زفاف في شيبويا هيكاري، حيث يرتدي المحقق ميواكو ساتو من قسم شرطة العاصمة فستان زفاف. بينما يشاهد كونان والضيوف المدعوون الآخرون، اقتحم مهاجم فجأة، وأصيب المحقق واتارو تاكاجي، الذي كان يحاول حماية ساتو. نجت تاكاجي وتم تسوية الوضع، ولكن في نظر ساتو، تداخلت صورة الحاصد القاتم الذي رأته عندما قُتل المحقق ماتسودا، الرجل الذي كانت تحبه، في سلسلة من التفجيرات قبل ثلاث سنوات، مع تاكاجي.