Ένα μοιραίο καλοκαίρι, μια παρέα από παιδιά δημοτικού χαμένα σε εγκαταλελειμμένο κτίριο πρέπει να ψάξουν βαθιά μέσα τους για να καταφέρουν να γυρίσουν σπίτι.

Η ιστορία εξελίσσεται δύο χρόνια μετά το τέλος του παιχνιδιού. Μια ασθένεια ονόματι "Geostigma" μαστίζει τον κόσμο. Ο κεντρικός ήρωας, Cloud Strife, θα πρέπει να αντιμετωπίσει τρεις μυστηριώδεις άνδρες που απαγάγουν μικρά παιδιά και τους κάνουν πλύση εγκεφάλου. Στο πλευρό του θα σταθεί η Tifa Lockhart, η οποία είναι πλέον ιδιοκτήτρια ορφανοτροφείου και φυσικά και άλλοι χαρακτήρες από το final fantasy VII όπως ο Vincent Valentine.

Μια εγκληματική οργάνωση σχεδιάζει επίθεση σε μία υποβρύχια εγκατάσταση της Interpol, όπου σύντομα θα παρουσιασθεί ένα προηγμένο σύστημα τεχνητής νοημοσύνης το οποίο θα επιτρέπει την άμεση αναγνώριση προσώπων σε όλο τον κόσμο. Ο ντετέκτιβ Κόναν και η παρέα του είναι οι μόνοι που μπορούν να αποτρέψουν την οργάνωση από την απόκτηση πολύτιμων πληροφοριών.