산업의 기계화와 대공황이 맞물려 힘든 시절, 공장의 컨베이어 벨트 위에서 하루 종일 나사못 조이는 일을 하는 찰리. 찰리는 반복되는 작업에 착란 현상을 일으키고, 눈에 보이는 모든 것을 조여버리는 강박 관념에 빠지고 만다. 그는 급기야 정신 병원에 가게 되고, 거리를 방황하다 시위 군중에 휩쓸려 감옥살이까지 하게 된다. 몇 년 후 감옥에서 풀려난 찰리는 부모를 잃고 고아가 된 한소녀를 만난다. 그녀의 도움으로 카페에서 일하게 되고 서로를 의지하며 새로운 희망을 가진다. 둘은 행복하고 단란한 가정을 꿈꾸며 일자리를 찾아 헤매지만 매번 다시 거리로 내몰리고 마는데...

고스트 헌터를 목표로 하는 주인공, 텐쿠지 타케루. 죽은 아버지가 보내온 수수께끼의 눈알 아이템 "고스트 아이콘(안혼)"을 손에 넣지만, 아이콘을 노리는 이세계의 괴물 "안마"에 의해 살해당하고 말았다. 소꿉친구인 아카리를 구하기 위해 싸울 결의를 다진 타케루는 불가사의한 선인의 힘에 의해 가짜 목숨을 받아 아이콘을 변신벨트 "고스트 드라이버"를 장비하여 "가면라이더 고스트"로서 되살아난다. 이 세계에 머무르는 것이 가능한 시간은 99일. 모으면 소원을 이뤄준다고 하는 "15의 위인"의 아이콘을 모아, 타케루는 이윽고 다가오는 세계의 운명을 좌우하는 싸움에 몸을 던지는 것이었다.