پسر بچه ای به نام «کوین» (کالکین)، به دلیل شیطنت هایش، شب پیش از سفر خانواده اش برای تعطیلات کریسمس، تنبیه می شود تا در اتاق زیر شیروانی بخوابد، و او هم پیش از خواب آرزو می کند که تمام اعضای خانواده اش ناپدید شوند. صبح روز بعد، همه «کوین» را فراموش می کنند و به سفر می روند و وقتی متوجه نبود او می شوند که دیگر دیر شده است.
۴ دوست در باغ وحشی در نیویورک زندگی می‌کنند: الکس (شیر)، مارتی (گوره خر)، ملمان (زرافه) و گلوریا (اسب آبی). با گم شدن یکی از آن‌ها بقیه به دنبال او اسیر شده و به طور ناخواسته داخل قفس به آفریقا برگردانده می‌شوند و در همین حین یک اتفاق در دریا آن‌ها را به سمت سواحل ماداگاسکار می‌کشاند. آن‌ها با ورود به دنیای وحش با یک بومی ماداگاسکاری که نوعی میمون است آشنا می‌شوند. سرانجام قهرمان داستان ما با واقعیت‌های مقدر شده طبیعت مواجه می‌شود و…
«بازرس کلوزو» (سلرز)، افسر دست و پا چلفتی پلیس فرانسه، سخت در تعقیب یک سارق زبردست جواهرات گران بها مشهور به «فانتوم» است. غافل از این که فانتوم کسی نیست جز «سر چارلز لیتن» (نیون) نجیب زاده ی انگلیسی و دوست همسرش، «سیمونه» (کاپوسین)...