A bordo dell'Enterprise, comandata dall'ammiraglio Kirk, si viaggia nello spazio contro il perfido Khan che vuole distruggere la Terra. Non è il seguito del precedente, ma di un episodio (Space Seed, 1967) della serie TV. Più vispo del primo. Ridimensionate le ambizioni metafisiche e ridotti gli effetti speciali, si è puntato sull'azione, sulle battaglie, su Khan, malvagio galattico di statura scespiriana. Le solenni banalità del dialogo non si contano.

Nonostante l'ordine di non intervenire nello scontro tra la flotta stellare ed i "Borg", l'Enterprise si rivolge verso la Terra e riesce a distruggere la nave aliena. Non c'è neppure il tempo di festeggiare che una navicella di salvataggio Borg, espulsa dal veicolo madre, fugge ed intraprende un viaggio a ritroso nel tempo verso la Terra del post conflitto atomico per "assorbirne" tutti gli abitanti ed impedire il primo contatto con una razza aliena, quello che le avrebbe consentito il decisivo passo evoluzionistico verso la Federazione unita dei pianeti. L'Enterprise la segue, ma mentre cerca di assicurare che la storia abbia il giusto corso, viene invasa dagli stessi cibernetici extraterrestri che di nascosto salgono a bordo ed iniziano ad assorbire i membri dell'equipaggio.

L'ammiraglio Kirk e il suo equipaggio decidono di tornare sulla Terra con lo Sparviero (ribattezzato HMS Bounty) catturato ai Klingon nel precedente episodio (Star Trek III: Alla ricerca di Spock), tutti rassegnati a subire la corte marziale per avere sottratto e distrutto la nave stellare USS Enterprise. Avvicinandosi al pianeta ricevono però un messaggio che avvisa che la Terra è sotto l'attacco da parte di una misteriosa e invulnerabile sonda spaziale aliena, che cerca di mettersi in comunicazione con le balene megattere, la cui specie però è estinta da tempo.

A causa dell'eccessivo sfruttamento minerario delle proprie colonie e l'utilizzo di tutte le risorse per costruire armamenti bellici, alla stirpe dei Klingon non rimangono che 50 anni di vita. Il cancelliere Gorkon chiede aiuto alla federazione, ma non tutti sono d'accordo nello stipulare una pace e fra questi il capitano Kirk che, suo malgrado, viene scelto per comandare la prima missione diplomatica. Le cose non vanno pero' per il verso giusto: una serie di missili che sembrano provenire dall'Enterprise colpiscono la nave Klingon ed uccidono Gorkon. Kirk e McCoy, saliti a bordo del vascello nemico per prestare aiuto, vengono processati e condannati all'ergastolo nelle terribili miniere del satellite penitenziario di Rura Penthe. Grazie all'aiuto dell'affascinante aliena camaleontide Marthia, riescono pero' a fuggire non prima di aver scoperto che il complotto per eliminare i Klingon vede coinvolti insospettabili membri della federazione.

Un simpatico contrabbandiere scommette con due ricconi di riuscire a trasportare 400 casse di birra dal Texas in Georgia in 28 ore tra peripezie e disavventure con la polizia.

L'Enterprise torna alla base per compiere alcune riparazioni, ma la scoperta che il progetto Genesis sta ricreando la vita sul pianeta in cui è stata depositata la bara di Spock fa crescere le speranze di poter recuperare l'amico prematuramente scomparso. Quando Kirk si rende conto che il vulcaniano, prima di morire, ha trasferito la sua essenza nella mente di McCoy, l'intero equipaggio - contravvenendo agli ordini della Federazione - si mette in viaggio.

Quattro generazioni sono passate dalla catastrofe dell'astronave del capitano Kirk e la nuova ciurma riceve una chiamata di soccorso: viene salvato il Dr. Soran che poi cercherà di raggiungere Nexus, il nastro di energia che pare dispensare la felicità. Questa ricerca minaccia di portare alla distruzione del sistema solare e Soran ha dalla sua i malvagi Klingon. Ma una distorsione cronologica...

Durante una missione esplorativa sul pacifico pianeta dei Ba’ku, il tenente comandante Data dà segni di ribellione. L’Enterprire giunge in soccorso e scopre la vera causa dell’insurrezione dell’androide: il popolo dei Son’a sta cercando di rubare ai Ba’ku, con la complicità di un ammiraglio, la fonte dell’eterna giovinezza...

Il sergente Todd è un veterano che fa parte di una forza d'élite dell'esercito del pianeta Terra. Dopo essere stato sconfitto da una nuova stirpe di soldati manipolati geneticamente, viene abbandonato su un pianeta immondezzaio. Là si trova ad interagire con un gruppo di sopravvissuti la cui esistenza pacifica viene interrotta dall'arrivo di una truppa inviata per eliminare la colonia. Toccherà a Todd organizzare la loro eroica difesa.

Sull'Enteprise l'equipaggio sta celebrando le nozze tra Deanna Troi e William Riker. Improvvisa giunge la chiamata della Flotta Stellare che incarica l'Enteprise di recarsi in missione di pace presso i Romulani, nemici storici, dove un colpo di stato ha portato al potere un nuovo imperatore. Le cose in realtà sembrerebbero mettersi al meglio, visto che lo stesso non fa che lanciare proclami di pace. Ma il comandante Picard troverà ben presto le prove dell'esistenza di un'arma capace di distruggere l'intera Terra. E quel che è peggio scoprirà la non rassicurante origine dell'usurpatore...

E' Pasqua e gli abitanti della cittadina di Grover si preparano per i festeggiamenti. Vengono trovate delle uova misteriose e scambiate per uova pasquali, mentre in realtà contengono i ferocissimi critters, i roditori extraterrestri. ma per fortuna ad aiutare il paese di Grover a sconfiggere i critters arrivano i cacciatori di tagile alieni.

Un gruppo di ribelli guidati da un misterioso profeta si impadronisce di Paradise City, la capitale di Nimbus III, il Pianeta della Pace Galattica, e prende come ostaggi alcuni consoli della Federazione dei Pianeti Uniti, dell'Impero Romulano e dell'Impero Klingon. La nave stellare Enterprise, al comando del capitano Kirk, viene inviata su Nimbus III per liberare gli ostaggi, ma i ribelli riescono ad impadronirsene e a dirottarla verso il centro della Galassia.

Il primo volo con equipaggio su Marte ritorna dopo non aver potuto comunicare con la Terra dall'arrivo su Marte. Cosa rivelerà?

Una smisurata e misteriosa sfera luminosa atterra tra gli alberi di Central Park e sotto gli occhi meravigliati dei newyorkesi. L'alieno che la abita e ne discende viene accolto da una pallottola di benvenuto, esplosa da un militare nervoso ed emotivo. Ricoverato d'urgenza e guarito con prodigiosa rapidità, l'alieno rivela sembianze umane e nome sotto una pellicola gelatinosa: è Klaatu, una creatura astrale precipitata dall'universo per avvertire l'umanità di un'imminente crisi globale. Dopo aver chiesto senza successo alla Segretaria di Stato degli USA di organizzare una riunione internazionale per comunicare al mondo il suo messaggio, Klaatu elude la sorveglianza governativa, deciso a dare una dimostrazione di forza convincente con l'aiuto di Gort, il suo gigantesco automa. Sarà l'amore di una mamma, la scienziata Helen Benson, a farlo desistere dall'impresa, concedendo agli uomini il beneficio del dubbio e la possibilità del riscatto.

I bellicosi alieni Kilrathi assaltano l'avamposto terrestre Pegasus, riuscendo ad entrare in possesso di un sistema di navigazione con le mappe per giungere fino alla Terra. Christopher Blair, un giovane pilota assegnato alla TCS Tiger Claw, con il resto della squadra svolge delle missioni per guadagnare tempo in modo da consentire alla flotta della Confederazione di preparare una linea di difesa per la Terra e fermare l'invasione dei Kilrathi.