Ο Δρ Tanner (Paul Hilton) είναι ένας επιστήμονας αποστάτης ο οποίος επιχειρεί να αποδείξει την ύπαρξη των δράκων - το οποίο ο ίδιος πιστεύει ότι ζούσαν σε αυτόν τον πλανήτη την ίδια εποχή με τους δεινόσαυρους - με κόστος την έλλειψη σεβασμού στην αρχαιολογική κοινότητα. Αλλά μια ανασκαφή στην Ανατολική Ευρώπη αποκαλύπτει αντικείμενα που οι θεωρίες του Tanner μπορεί να είναι έγκυρες. Με τη βοήθεια των δύο από τους συναδέλφους του (Aidan Woodward και Katrine Μπαχ), ο Tanner εξετάζει τα ευρήματα απο την ανασκαφή που φαίνεται να έχουν δράκους, και ο ίδιος εξηγεί το πώς ζούσαν, ιστορίες που ζωντανεύουν σε αναδρομές στο παρελθόν και στην τεχνολογία γραφικών του υπολογιστή.
Μετά την επιστροφή του από τη μάχη στην προηγούμενη ταινία, ο μεγάλος πολεμιστής Ηρακλής, μαθαίνει ότι η αγαπημένη του, η Διηάνειρα, έχει χάσει τα λογικά της. Σύμφωνα με το μαντείο της Μήδειας, η μόνη ελπίδα της Διηάνειρας είναι η πέτρα της λήθης που βρίσκεται στα βάθη του κάτω κόσμου. Ο Ηρακλής με δύο συντρόφους του, τον Θησέα και τον Τηλέμαχο, ξεκινά μια επικίνδυνη περιπέτεια για την αποκτήσει την πέτρα, μην γνωρίζοντας πως ο φύλακας της Διηάνειρας, ο Βασιλιάς Λύκων, είναι ο υπεύθυνος για την κατάσταση της. Ο Λύκων, εποφθαλμιά να πάρει το κορίτσι για τον εαυτό του, ως νύφη του, όταν θα έχει αποκτήσει την αιώνια βασιλεία στην χώρα της Εκάλης.
Όταν ο Αρνάμπ (Parambrata Chatterjee) βρίσκει σε μια καλύβα τη Ρουκσάνα (Anushka Sharma) να ζει βρώμικη, ρακένδυτη και αλυσοδεμένη σαν ζώο, την παίρνει υπό την προστασία του, αγνοώντας ότι η κοπέλα δεν είναι ανθρώπινο πλάσμα.
Μια δεκαετία μετά την επική νίκη του επί του τερατώδους Κράκεν, ο Περσέας - ο ημίθεος γιος του Δία - επιχειρεί να διάγει μια πιο ήσυχη ζωή ως ψαράς, έχοντας επιφορτιστεί με την ευθύνη να αναθρέψει ολομόναχος τον δεκάχρονο γιο του, Ήλιο. Στο μεταξύ η μάχη για την επικράτηση συνεχίζεται ανάμεσα σε Θεούς και Τιτάνες. Έχοντας χάσει την αφοσίωση των ανθρώπων, οι Θεοί έχουν αρχίσει να χάνουν τον έλεγχο επί των φυλακισμένων Τιτάνων και του θηριώδη αρχηγού τους, Κρόνου - πατέρα των Δία, Άδη και Ποσειδώνα - που αφότου τον ανέτρεψαν, τον έριξαν στην άβυσσο του Τάρταρου. Ο Περσέας όμως, δεν μπορεί να αδιαφορήσει όταν ο Άδης, μαζί με τον γιο του Δία, Άρη (Έντγκαρ Ραμίρεζ) συμμαχούν με τον Κρόνο, προκειμένου να φυλακίσουν τον Δία. Η δύναμη των Τιτάνων γίνεται ολοένα και ισχυρότερη, καθώς οι θεϊκές δυνάμεις του Δία συρρικνώνονται και επικρατεί χάος στη Γη.