W 1926 roku po pokonaniu pozostałości armii Republiki, Batalion szybkiego reagowania Tanyi, wraca do domu. Jednakże, kiedy wrócili, otrzymali wiadomość o masowej mobilizacji wrogów przy granicy Federacji Rosyjskiej. W tym samym czasie wielonarodowa armia pod dowództwem Zjednoczonego Królestwa wyrusza na tereny Federacji, aby połączyć z nią siły. "Wróg mojego wroga jest moim przyjacielem". Pośród szeregów armii Zjednoczonego Królestwa jest Mary Sioux, córka Ansona Siouxa. Poprzysięgła sobie, że zemści się na Imperium za śmierć swojego ojca.

Daleko od Orario, w ruinach antycznej świątyni pojawia się nowe zagrożenie. Wróg jest tak silny, że bogini Artemida, wyrusza do Orario w celu znalezienia wybrańca, który pokona wroga. Nie jest to jednak Ais Wallenstein (Legendarna Księżniczka Miecza), nie jest to także Ottar (Najsilniejszy wojownik, który kiedykolwiek postawił stopę w dungeonie). Włócznia Artemidy wybrała kogoś niepozornego Bella Cranel, początkującego poszukiwacza przygód. Oni oraz reszta Familii Hestii wyrusza do ruin świątyni, aby pokonać Antaresa, potwora, który zapoczątkował zniszczenie krainy. Ale dlaczego ma on moc Ancarum?

Kosuke i Natsume to dwójka przyjaciół z dzieciństwa. Od najmłodszych lat wychowywano ich jak brata i siostrę, jednak w szóstej klasie ich relacje zaczynają się psuć, gdy umiera dziadek Kosukego, Yasutsugu. Pewnego dnia podczas wakacji Kosuke i jego koledzy z klasy zakradają się do przeznaczonego do wyburzenia kompleksu mieszkaniowego, o którym chodzą słuchy, że jest nawiedzony. Jest to miejsce, w którym Kosuke i Natsume dorastali, i z którym mają wiele wspomnień. Tam Kosuke wpada na Natsume i zostaje zapytany, czy zna tajemniczego Noppo. Nagle natykają się na zagadkowe zjawisko. Po odzyskaniu przytomności widzą przed sobą jedynie bezkresne morze. Kosuke wraz z resztą dzieci dryfują w kompleksie mieszkaniowym po nieznanych wodach, za wszelką cenę starając się przetrwać. Dochodzi między nimi do starć i rozżaleń, a może nawet i do pojednania. Czy uda im się wrócić do starego świata? Zaczyna się podróż na pożegnanie lata...

Grupa niedawno zmarłych osób zostaje wskrzeszona i wyposażona w najnowszą broń do walki z potworami. Od ich współpracy zależy przyszłość Tokio i Osaki.

Minęły dwa lata od ostatecznej bitwy z Sephirothem. Choć Midgar, miasto mako, miasto dobrobytu, zostało zredukowane do ruin, jego mieszkańcy powoli, lecz systematycznie kroczą drogą ku odbudowie. Jednak tajemnicza choroba zwana Geostigmą dręczy ich. Nie ma na nią lekarstwa, a jej ofiara umiera jedna po drugiej, pozbawiając ludzi resztek nadziei.

Japonia, rok 1966. Saya należy do tajnego oddziału zajmującego się zwalczaniem demonów. Zostaje wysłana do amerykańskiej bazy wojskowej w Yokocie, by w przebraniu studentki prowadzić śledztwo. Odkrywa, że dwie osoby z klasy są wampirami w przebraniu, w chwili gdy przymierzają się do ataku na szkolną pielęgniarkę. W tym samym czasie, koledzy Sayi z oddziału, znajdują kolejnego demona, tym razem udającego barmana w dzielnicy czerwonych latarni. Dochodzi do spektakularnej bitwy...