Au XVIème siècle, au Japon, des paysans décident d'embaucher des samouraïs pour protéger leur village, et en trouvent sept. Ces hommes organisent la défense du village contre quarante brigands.

Atteint d'un cancer, Watanabe, chef de service du génie civil, décide de réaliser le projet qu'il avait tout d'abord repoussé : celui d'assainir un terrain vague du quartier de Hureocho pour que les enfants puissent jouer dans un véritable jardin.

Début 19ème siècle. De retour à Edo après trois ans d'études à Nagasaki, le jeune docteur Noboru Yasumoto est décidé à y faire une brillante carrière. Il rêve d'une nomination dans l'hôpital du Shogunat. Sa connaissance de la médecine occidentale et ses origines le destinent aux plus hautes sphères médicales. Mais sa première affectation l'envoie dans un quartier très pauvre de Tokyo, à la clinique de l'intransigeant Dr Niide dit "Barberousse". Egoïste et arriviste, le docteur est mécontent d'être aux ordres d'un médecin dans un endroit qui ne correspond pas à son diplôme et à son ambition. Mais peu à peu, Yasumoto surmonte son amère déception et s'attache aux malades et à son étrange patron. Barberousse est un médecin atypique au coeur pur entièrement dévoué à la cause des plus pauvres. En fréquentant les laissés pour compte de la société, Noboru s'humanise...

Jeune lycéen, Hodaka fuit son île pour rejoindre Tokyo. Sans argent ni emploi, il tente de survivre dans la jungle urbaine et trouve un poste dans une revue dédiée au paranormal. Un phénomène météorologique extrême touche alors le Japon, exposé à de constantes pluies. Hodaka est dépêché pour enquêter sur l'existence de prêtresses du temps. Peu convaincu par cette légende, il change soudainement d'avis lorsqu'il croise la jeune Hina…

Au Japon, sur une minuscule île de l'archipel de Setonaikai, un couple vit avec ses deux jeunes enfants. La terre est aride et l'île ne possède pas de ressource en eau douce. Pour cultiver cette terre ingrate et survivre, le couple est donc obligé de faire de continuels voyages en barque entre la terre ferme et l'île : ramener l'eau précieuse et en arroser avec attention et parcimonie chacun des plants cultivés. Ces gestes renouvelés sans cesse rythment le quotidien. Les jours passent, puis les saisons. Un jour, alors que les parents sont partis chercher l'eau, un des enfants tombe malade, sans raison. Il meurt rapidement sans que personne n'ait pu faire quoi que ce soit pour le sauver. Ses camarades de classe arrivent en bateau pour lui rendre un dernier hommage, puis repartent. Malgré un bref moment de révolte de la mère contre cette vie, le rituel reprend.

Dans le Japon féodal, alors que les guerres civiles font rage, les généraux Washizu et Miki rentrent victorieux chez leur seigneur Tsuzuki. Ils traversent une mystérieuse forêt où ils rencontrent un esprit qui leur annonce leur destinée : Washizu deviendra seigneur du château de l’Araignée, mais ce sera le fils de Miki qui lui succèdera. Troublé par cette prophétie, Washizu se confie à sa femme, Asaji. Celle-ci lui conseille alors de forcer le destin en assassinant Tsuzuki…

Dans un avenir proche, les élèves de la classe B de 3ème du collège Shiroiwa ont été amenés sur une île déserte par une armée mystérieuse. Un adulte surgit tout à coup devant eux : leur ancien professeur Kitano. Il leur annonce qu'ils vont participer à un jeu de massacre dont la règle consiste à s'entretuer. Seul le dernier des survivants pourra regagner son foyer. Kitano leur présente deux nouveaux élèves très inquiétants. Des coups de feu retentissent pour convaincre les incrédules. Selon la loi de réforme de l'éducation pour le nouveau siècle, ce sacrifice permettra de former des adultes sains. Abandonnés chacun à son sort avec de la nourriture et une arme, les adolescents disposent d'un délai de trois jours pour s'entretuer.

Deux reporters, Ichiro Sakai et Junko Nakanishi, sont envoyés sur un site industriel dévasté par un violent cyclone. Ils y découvrent une étrange substance. Parallèlement, les pêcheurs de la baie de Yokohama ramènent un œuf géant et mystérieux qui est aussitôt acheté par Toharata, un homme d'affaires véreux. Malgré les recommandations du professeur Miura, inquiets de ce qui se cache dans l'œuf, Toharata décide d'en faire une attraction particulièrement lucrative pour les touristes et les curieux. À leur grande stupéfaction, de petites fées apparaissent pour reprendre l'œuf aux humains. Les « Aelinas », comme elles se nomment, sont décidés à récupérer ce qui appartient à leur déesse, la phalène géante Mothra.

Au cinquième jour de la sanglante bataille d'Iwo Jima, cinq Marines et un infirmier de la Navy hissent ensemble le drapeau américain au sommet du Mont Suribachi, tout juste repris aux Japonais. L'image de ces hommes unis face à l'adversité devient légendaire en l'espace de quelques jours. Elle captive le peuple américain, las d'une guerre interminable, et lui donne des motifs d'espérer. Pour mettre à profit cet engouement, les trois "porte-drapeaux" sont livrés à l'admiration des foules. Leur nouvelle mission : servir leur pays en vendant les précieux Bons qui financent l'effort de guerre.Le laconique John "Doc" Bradley, le timide Amérindien Ira Hayes et le fringant Rene Gagnon se prêtent au jeu avec un dévouement exemplaire. Ils sillonnent sans relâche le pays, serrent des milliers de mains et prononcent des allocutions. Mais, en leur for intérieur, une autre bataille se livre…

Un policier new-yorkais est chargé d'escorter à Osaka un criminel japonais. Rapidement, ce dernier s'échappe. Le représentant de l'ordre va alors avoir beaucoup de mal à le retrouver dans un pays dont il ignore les us et coutumes.

Au Japon, à la fin des années 1920, Masayuki Suzuki est un prisonnier qui s'échappe systématiquement de la prison dans laquelle il est incarcéré pour être sciemment repris et mis à nouveau en prison. Un de ses geôliers est très intrigué par ces évasions-incarcérations répétées et décide de percer le mystère entourant cet homme…

Un beau jour, quatre jeunes - Hikari, Ikuko, Ishi et Takemura - se rencontrent par hasard dans un crématorium. Ils viennent tous de perdre leurs parents, mais aucun d'entre eux ne peut verser une larme. Ils sont comme des zombies, dépourvus de toute émotion. Seuls dans le monde, à 13 ans, sans avenir, sans rêve et sans possibilité d'avancer, nos protagonistes s'habillent de fripes, récupèrent des instruments de musique et décident de former un groupe génial qu'ils décident d'appeler "Les petits zombies".

Pendant la Seconde Guerre Mondiale, en Birmanie, des prisonniers américains sont chargés de construire, dans des conditions de travail très éprouvantes, une voie de chemin de fer pour les Japonais.