Baseada na multi premiada novel de Eto Mori, a história de Colorful desenrola-se em volta de um espírito referido como "boku" (eu) que morreu recentemente. "Parabéns, ganhaste a lotaria" diz-lhe um anjo. Para aprender com os seus erros e ter uma segunda oportunidade, o espírito é colocado no corpo de Makoto, um rapaz de 14 anos que cometeu recentemente suicídio. À primeira vista a sua vida parecia fácil, mas rapidamente se apercebe porque é que Makoto optou pelo suicídio. Ele tem agora de lidar com vários problemas e começa a reflectir sobre o verdadeiro significado daquele desafio.

Um mestre samurai é assassinado por um senhor da guerra. Os seus discípulos juram vingar a sua morte e devolver a honra ao seu povo. Apesar de intrépido, resoluto e poderoso, o grupo foi banido e disperso, e sente-se decepado pela ausência de um líder. A derradeira esperança reside em Kai, um mestiço exilado e escravizado. Assim, aquele que antes era considerado um marginal, transforma-se na fonte de inspiração e na arma letal para vencer a luta violenta e desigual dos 47 samurais contra o "shogun", o seu imenso exército e um caminho habitado por sombras, feitiços e criaturas fantásticas.