No futuro, um exausto Logan, escondido na fronteira Mexicana, cuida do adoentado Professor X. Mas as tentativas de Logan para se esconder do mundo e do seu próprio legado, acabam quando uma jovem mutante chega, sendo perseguida por forças obscuras.
Quatro tartarugas ninjas mutantes adolescentes emergem das sombras para proteger Nova Iorque de um bando de ninjas criminosos.
Grant Grant (Michael Rooker) é um dos poucos bem-sucedidos homens de negócios da pequena cidade de Wheelsy. Ele é casado e completamente apaixonado por Starla (Elizabeth Banks), apesar dela não sentir a mesma afeição por ele. Apesar disto, Grant leva uma vida feliz. Entretanto sua vida muda por completo após conhecer Brenda Gutierrez (Brenda James), a irmã caçula de uma antiga namorada. Ao dar uma volta sob o luar eles encontram algo gosmento no meio do mato, que parece ter vindo de destroços de um meteoro. Subitamente esta massa ganha vida e penetra no corpo de Grant, tornando-o seu hospedeiro. Aos poucos o ser alienígena toma conta das ações de Grant, tornando-o uma criatura sedenta de sangue e com a necessidade de infectar outros humanos.
As regras são as mesmas mas as gargalhadas vão ser ainda maiores e as emoções melhores. Desta vez Billy e os grandes favoritos Mogwai e Gizmo vão enfrentar uma nova geração de Gremlins que definitivamente consideram Nova Iorque uma cidade feita à sua medida.
As Tartarugas Ninja têm que voltar a enfrentar o vilão Shredder, que planeia usar o mesmo líquido verde usado para criá-las para produzir novos mutantes, que serão usados para atacar os humanos e a elas próprias.
Após a derrota do seu velho arqui-inimigo, Destruidor, as Tartarugas cresceram separadas como família. Esforçando-se para mantê-las unidas, o seu instrutor Splinter, começa a ficar preocupado quando estranhos acontecimentos surgem em Nova Iorque. O industrial tecnológico Maximillian J. Winters está a criar um exército de monstros históricos e apenas uma equipa de combate super-ninja pode pará-los - Leonardo, Michelangelo, Donatello e Raphael. Com a ajuda dos seus velhos aliados April O' Neil e Casey Jones, as Tartarugas estão prontas para voltar a enfrentar o misterioso Foot Clã, seguidores de Winters, na luta das suas vidas.
No ano de 2007, Los Angeles está arrasada após um violento terremoto. As ruas da cidade servem de palco para as disputas de gangues rivais que tentam dominar a região ou bairros inteiros. O nome da cidade muda para New Angeles. Áreas da nova cidade estão inundadas e arrasadas. Dois irmãos, Jimmy (Mark Dacascos) e Billy (Scott Wolf), especialistas em artes marciais, recebem a missão de guardar a metade de um antigo medalhão chinês, que quando completo pode dar incríveis poderes ao seu dono. A outra metade caiu nas mãos de Koga Shuko (Robert Patrick), um chefão do submundo do crime, que sonha em dominar todos. Ele não mede esforços para conseguir juntar as duas partes.