어머니가 돌아가신 바스티안(Bastian : 바렛 올리버 분)은 상상력이 풍부하고 몽상을 좋아하는 국민학생이다. 등교길에 못된 아이들에게 시달리게 되자 어느 서점에 숨게 됐는데 거기서 '끝없는 이야기(The Neverending Story)'라는 아주 이상한 책을 발견하게 된다. 바스티안은 그 책을 가지고 나와 학교 다락에서 읽기 시작한다. '환타젠'이라는 환상의 세계에 나씽이라는 괴물에 의해 점차 호수와 산들이 하루 아침에 없어지고 있었다. 이곳에 살고 있는 수 많은 종족들이 공포에 떨고 있고, 이것을 여왕 '천진한 소녀'에게 보고키 위해 요귀와 난쟁이가 길을 떠난다. 하지만 여왕은 이름 모를 병에 죽어가고 있는데, 여왕의 병을 고칠 방법을 찾기 위해 소년 아트레이유(Atreyu : 노아 해서웨이 분)가 단신으로 구세주를 찾아 기나긴 여행길에 오른다. 근심의 늪에서 애마 알텍스도 잃고, 펠콘(Falkor)이라는 행운의 용을 타고 마침내 거울문에 당도한다. 그곳에는 진실된 인간의 아이 바로 책을 읽고 있는 바스티안의 모습이 비친다. 그리고 여왕의 병을 고치기 위해서는 인간 세상의 아이가 여왕의 새로운 이름을 지어주어야 된다는 비법을 알게 된다. 아트레유는 환타젠을 구할 수 있는 인간의 아이를 데리러 가기 위해 환상의 나라의 끝으로 날아가지만 폭풍에 휘말려 펠콘에서 떨어진다. 아트레유는 동굴 속에서 나씽의 부하 괴물을 처치하지만 결국 환타젠을 구할 임무를 완수하지 못하는데...
모두가 잠든 밤, 런던의 고아원에 살고 있는 10살 소녀 소피는 우연히 인간 세상에 나온 한 거인을 보게 되고, 눈 깜짝할 사이 거인 나라로 납치된다. 무시무시한 거인들의 모습에 소피는 두려움을 느끼지만 자신을 납치해온 거인이 사실은 외톨이이며 꿈을 채집한다는 이야기에 호기심을 느끼며 특별한 우정을 쌓아간다. 그러나 소피는 다른 무자비한 거인들에게 발각될 위험에 처하고, 그들의 끔찍한 계획을 알게 된다. 이를 막기 위해 소피와 거인은 위험한 여정을 떠나게 되는데…
정직하고 성실한 의사 걸리버가 이상한 나라들을 여행하면서 겪은 그 나라의 정치와 풍습, 생활방식 등 인간 내면의 사악함과 정치의 부조리를 과장하지 않고 차분하게 보고서 형식의 문체로 소설을 전개시켰다. 인맥과 친분관계로 돌아가는 부조리한 현실에 비관한 외과 의사 걸리버는 남쪽 바다를 함께 항해하자는 윌리엄 프리처드 선장의 제안을 받아들여 기나긴 항해에 나선다. 첫번째 항해에서 난파당해 도착한 곳은 ‘소인국의 나라’12센티미터 밖에 되지 않는, 그야말로 작은 인종들이 사는 작은 국가에서 그는 거인이 된다. 그의 소인국 체험 일기가 담긴 1부는 영국의 왕궁과 정치를 풍자한 것이며, 인간의 도덕적 타락과 정신적 왜소함에 대해 가혹하게 비판한 것이다. 소인국을 탈출한 걸리버가 두번째로 착륙한 곳은 ‘거인국의 나라’이다. 그는 거꾸로 자신이 소인이 되어 벌과 쥐, 고양이에게 위협을 느끼며, 오만 방자하고 타락한 거인들의 노리개가 된다.
바스티앙(Bastian Bux: 조나단 브랜디스 분)은 아버지와 둘이 사는 겁많은 소년으로 겁먹고 다이빙을 못해서 수영팀이 되지 못한다. '끝없는 이야기'라는 책의 세계로 다시 가게된 바스티앙은 위험에 빠진 환타지아를 구하려 하고 그러기 위해 이름을 찾아 소년 전사 아트레이유(Atreyu: 케니 모리슨 분)와 나르는 용 펠코와 함께 떠난다. 마녀 자이드(Xayide: 클레어리사 버트 분)는 환타지아가 인간들의 꿈으로 존재함을 이용. 바스티앙의 기억을 없앰으로써 결국에는 자신의 임무조차 망각하게 만들려 한다. 이름은 찾았지만 자신의 실수로 아트레이유가 위험에 처하자 바스티앙은 마녀의 음모를 깨닫고 마지막 소원을 지혜롭게 활용하여 마녀를 소멸시킨다. 바스티앙의 아버지 바니(Barney Bux: 존 웨슬리 쉽프 분)는 아들을 찾다가 집에서 '끝없는 이야기' 책을 읽으며 아들을 응원하고 바스티앙은 아버지의 목소리를 듣고 용기를 발휘하여 모험을 끝내고 집으로 돌아온다.