수학, 법학, 역사학 등 모든 분야에 재능이 있는 윌(맷 데이먼)은 천재적인 두뇌를 가지고 있지만 어린 시절 받은 상처로 인해 세상에 마음을 열지 못하고 절친인 처키(벤 애플렉)와어울려 다니는 불우한 반항아이다. 대학을 청소하면서 벽에서 우연히 접한 수학 문제를 간단히 풀어버린 일을 그 대학 교수 램보가 발견하고 윌에게 관심을 갖지만 윌은 냉대한다. 어느 날 보호관찰 대상인 윌은 폭행죄로 수감되고, 램보 교수는 자신이 감독하겠다는 조건으로 윌을 석방시킨 다음 대학 동기인 심리학 교수 숀(로빈 윌리엄스)에게 그를 부탁한다. 거칠기만 하던 윌은 숀과 함께 시간을 보낼수록 상처를 위로 받으며 조금씩 변화하기 시작하는데...

1947년 프린스턴 대학교, 시험도 보지 않고 장학생으로 입학한 존 내쉬(러셀 크로우). 어느 날 친구들과 함께 들른 술집에서 금발 미녀를 둘러싸고 벌이는 친구들의 경쟁을 지켜보던 존 내쉬는 섬광같은 직관으로 균형이론의 단서를 발견한다. 1949년 27쪽 짜리 논문을 발표한 20살의 존 내쉬는 하루 아침에 학계의 스타로, 제2의 아인슈타인으로 떠오른다. 이후 MIT 교수로 승승장구하던 그는 정부 비밀요원 윌리암 파처(에드 해리스)를 만나 냉전시대 최고의 엘리트들이 그러하듯 소련의 암호 해독 프로젝트에 비밀리에 투입되는데...

뉴욕 경찰관 존 맥클레인(브루스 윌리스)은 떨어져 사는 아내 홀리 (보니 델리아)를 만나기 위해 LA의 나카도미 빌딩으로 찾아간다. 그러나 파티가 한창 무르익을 무렵, 한스 그루버(알란 릭맨)가 이끄는 일단의 테러리스트들이 침입, 사장을 비롯한 파티 참석자 30여 명을 인질로 삼고 건물 금고에 소장하고 있는 돈과 보물을 손에 넣으려 한다. 최첨단 하이테크에 의해 관리되던 34층짜리 나카토미 빌딩은 통채로 테러리스트들의 수중으로 넘어가 폐쇄되고 고층 빌딩은 살벌한 생존 게임의 전쟁터로 변해가는데...

18세기 프랑스, 악취나는 생선 시장에서 태어나자마자 고아가 된 천재적인 후각의 소유자 장 바티스트 그르누이(벤 위쇼). 난생 처음 파리를 방문한 날, 그르누이는 지금껏 경험하지 못했던 여인의 매혹적인 향기에 끌린다. 그 향기를 소유하고 싶은 강렬한 욕망에 사로잡힌 그는 향수제조사 주세페 발디니(더스틴 호프만)를 만나 향수 제조 방법을 배워나간다. 파리를 떠나 향수의 낙원이라 불리는 프랑스 남동부의 그라스에서 본격적으로 향수를 만드는 기술을 배우는 그르누이. 한편 그라스에서는 아름다운 여인들이 머리카락을 모두 잘린 채 나체의 시신으로 발견되는 의문의 살인 사건들이 연이어 발생하는데...

러시아에서 발생한 내전을 틈타 구소련 강경파 군부지도자 라첸코(다니엘 본 바르겐)는 핵미사일 기지를 포함하여 군통수권 일부를 장악한 뒤 미국 본토를 위협하는 3차대전 시나리오를 구상 중이다. 미국방성은 라첸코가 핵미사일 암호를 수중에 넣기전에 그의 전쟁 의지를 제압해야 하는 위기에 빠진다. 마침내 램지 함장(진 핵크만)의 지휘하에 핵잠수함 알라바마호의 출정이 시작되고 러시아의 핵미사일 기지 근해로 접근하던 중 러시아 잠수함의 어뢰 공격을 받게 된다. 적의 어뢰공격을 가까스로 피한 후 본국으로부터 핵미사일의 발사에 대한 단계적인 명령이 하달되기 시작하는데...

미 해병 여단장 프란시스 하멜 장군(에드 해리스)은 미국 정부를 상대로 극비 군사 작전을 수행하다 전사한 장병의 가족에게 보상을 해줄 것을 호소한다. 그러나 미국 정부는 이것을 무시했고, 하멜 장군은 정의의 회복이라는 명분 하에 알카트라즈 섬을 장악하고 이 섬을 찾아온 관광객 81명을 잡고 몸값을 요구한다. 정부가 이를 들어주지 않을 경우 살상용 화학가스가 장착된 미사일을 샌프란시스코에 발사하겠다고 협박한다. 이 사건을 해결하기 위해서 생화학 무기 전문가인 스탠리 굿스피드 박사(니콜라스 케이지)와 알카트라즈에서 유일한 탈옥자인 존 메이슨(숀 코넬리)이 발탁되는데...

천재적인 두뇌를 가졌지만 불안한 성격의 맥스는 자신의 인생에 있어서 가장 중대한 발견을 눈 앞에 두고 있다. 지난 10년간 그는 '질서가 있는 혼란'이라 할 수 있는 주식 시장의 메커니즘을 구성하고 있는 숫자들 사이의 질서를 파악하기 위해 연구해 온 터. 작업이 완결 상태에 이르렀을 즈음, 그에게 혼란이 생긴다. 금융 시장을 지배하려는 월 스트리트의 한 금융 회사 뿐 아니라 코란에 숨겨진 숫자의 비밀을 알아내려고 안간힘을 쓰는 유대교 신비주의 카발라 신도들에게 쫓기게 된 것이다. 맥스는 자신에게 다가오는 정신병에 맞서기 위해 암호 해독에 골몰한다. 마침내 그는 모든 사람의 목숨을 바쳐서까지 알고 싶어하는 비밀을 서서히 벗겨낸다.

전 세계의 이목이 집중된 1972년 뮌헨올림픽. 모두가 스포츠의 환희와 감동에 열광하는 가운데 끔찍한 인질 사건이 발생한다. 이 사건은 전 세계에 TV로 생중계가 되고, 팔레스타인 무장 조직 ‘검은 9월단’은 인질로 잡았던 이스라엘 선수단 11명을 살해한다. 전 세계는 엄청난 충격과 혼란에 휩싸이고, 팔레스타인은 이제 세계가 그들의 목소리로 귀기울이게 되었다고 자축한다. 하지만, 팔레스타인에 대한 보복을 결심한 이스라엘은 ‘검은 9월단’이 했던 것처럼 세계인의 이목을 끌 수 있는 비밀 공작을 준비하게 되고…. 이스라엘 정보기관 ‘모사드’는 최정예 요원들을 소집, 기록조차 없는 비밀 조직을 만들고 ‘검은 9월단’에 대한 복수를 명령한다. 조국애가 깊은 ‘모사드’ 출신 비밀 요원 ‘애브너(에릭 바나)’를 리더로 도주, 폭발물, 문서위조, 뒷처리를 담당하는 전문가들로 암살팀을 구성한다. 뮌헨 사건의 배후 인물로 지목된 팔레스타인인은 모두 11명. 이스라엘 비밀 요원들은 이들을 한 명씩 찾아내 치밀한 복수를 시작한다. 하지만 그들은 목표물을 제거할수록 조국의 임무와 복수의 정당성 사이에서 고민하기 시작하고, 살인에 대한 죄책감을 느낀다. 동시에 자신들 또한 누군지 모르는 암살팀의 표적으로 쫓기게 되는 아이러니한 상황에 빠져든다. 애브너와 비밀 요원들은 점점 더 큰 두려움과 죄책감에 사로잡혀가는데….

때는 1991년, 은퇴를 준비하고 있는 CIA의 베테랑 요원 나단 뮈어는 자신의 부하였던 젊은 요원 톰 비숍이 중국에서 스파이 혐의로 체포되었다는 소식을 듣는다. 비숍은 24시간 후 사형에 처해질 예정이지만 CIA 수뇌부는 국제관계 악화를 우려해 쉽게 결단을 내리지 못한다. 뮈어는 자신이 알고 있는 모든 지혜와 실력을 동원하여 비숍을 구출하기로 결심한다. 베트남 전선에서 저격수로 활약했던 비숍을 스카웃해 그에게 모든 것을 가르쳤던 뮈어의 머릿 속에서 그들의 과거가 빠르게 스쳐 지나간다. 함께 사선을 넘나들며 쌓은 우정과 베를린에서 베이루트까지 종횡무진했던 위험한 스파이 활동, 그들의 우정을 흔들리게 만든 한 여인까지.

해저 500피트에 있던 소련의 핵잠수함 포템킨호가 사라진다. KGB는 잠수함이 사라진 이유를 밝히기 위해 첩보원 트리플 X를 파견한다. 한편 영국 정보부에도 비상이 걸린다. 16개의 핵탄두가 실린 핵잠수함 1척이 사라진 것. 모처럼 오스트리아에서 휴가를 즐기던 제임스 본드는 긴급 지시를 받고 본부로 돌아온다. 사건조사를 위해 이집트로 간 본드. 영국은 자신들과 마찬가지 상황인 KGB와 협력해 사라진 핵잠수함을 찾기로 합의한다. 무지막지한 킬러 죠스로부터 빼앗아 온 필름을 조사한 그들은 칼 스트롬버그라는 인물에 접근하게 되는데...

서로에 대해 전혀 알지 못하는 네 명의 수학자가 위대한 수수께끼를 풀어달라는 정체를 알 수 없는 초대로 받는다. 그러나 그들 앞에 놓인 것은 제한 시간인 1분 내에 문제를 풀지 못하면 사방이 오그라드는 밀실뿐이다. 살아남을 수 있는 유일한 방법은 문제를 푸는 것뿐. 그들은 왜 이 방에 초대되었으며, 그들은 이방에 초대한 인물은 누구인가? 목숨을 건 치열한 두뇌 게임이 지금 시작된다…!

1973년 4차 중동전쟁 당시 핵미사일을 싣고 골란 고원을 날던 이스라엘 전투기가 격추되고 미사일은 흙먼지 속에 파묻힌다. 30년 뒤 러시아에선 알렉산더 네메로프가 새로운 대통령으로 취임한다. 이 사실을 예견했던 CIA 정책연구원 잭 라이언은 윌리엄 캐봇 국장과 함께 핵사찰 차 러시아에 갔다가 세 명의 핵물리학자가 실종됐음을 발견한다. 중동에선 우크라이나를 향해 미지의 화물이 배에 실린다. CIA는 사라진 세 과학자가 우크라이나에 있다는 정보를 입수한다. 얼마 뒤 로버트 파울러 미 대통령이 슈퍼볼을 관전하고 있던 볼티모어 경기장에서 핵폭탄이 터진다. 미국은 러시아의 공격으로 단정 짓고 반격을 준비하지만 네메로프는 극구 부인한다. 세계 곳곳에서 벌어진 정신없는 사건들 사이엔 무슨 관련이 있고 핵 테러의 주범은 누구인가?

1972년, 레바논 베이루트의 외교관 ‘메이슨’은 부인과 함께 레바논 소년 ‘카림’을 돌본다. 그러던 어느 날, ‘카림’의 형이 뮌헨 참사 주범으로 밝혀지고, 때마침 습격한 그의 형 ‘라미’의 테러로 ‘메이슨’의 부인이 살해되고 만다. 10년 뒤 현재, 테러 사건 이후 폐인이 된 ‘메이슨’은 거절 못 할 제안에 의해, CIA 요원과 테러범의 목숨을 맞바꾸는 사상 초유의 인질 협상 작전에 투입되어 베이루트를 다시 찾는데…

007은 시베리아 눈 속에 파묻힌 003의 시체에서 마이크로칩을 발견한다. 핵폭탄이 터지면 자성파가 나와 마이크로칩을 사용하는 모든 전자제품의 기능이 마비되는데 영국의 한 방위산업체가 자성파에 영향을 받지 않는 마이크로칩 개발에 성공한 것. 맥스라는 프랑스 기업가가 인수한 그 회사사가 소련과 관계가 있다고 확신한 영국 정보부는 007에게 맥스를 조사하도록 지시를 내린다. 그 과정에서 007은 그에게 땅을 빼앗긴 스테이시란 여성을 만나고 그녀의 도움으로 맥스의 엄청난 음모를 알게 되는데...