Dans l'entre-deux-guerres quelque part en Italie, le pilote Marco, aventurier solitaire, vit dans le repaire qu'il a établi sur une île déserte de l'Adriatique. À bord de son splendide hydravion rouge, il vient en aide aux personnes en difficulté.

Suite à sa précédente aventure, Nobita a réussi à changer son avenir pour le mieux, obligeant Shizuka à l'épouser. Pris de désespoir, il décide cependant de retourner dans le passé pour retrouver sa grand-mère adorée, elle est décédée alors qu'il était encore à la maternelle et qu'il aimait beaucoup.

Koyomi Araragi se réveille un matin avec une drôle d'impression, comme si quelque chose n'allait pas. Toujours perturbé, il décide d'aller voir ses amies et ainsi comprendre ce qui lui arrive. Au fur et à mesure, il va rapidement se rendre compte qu'il se trouve dans un univers parallèle où certains événements qu'il a connus n'ont pas eu lieu.

L’histoire récapitule les arcs à bord du Vogue Merry (premier bateau de l’équipage de Luffy) de East Blue à Water 7, avec une toute nouvelle animation.

Un missile d'origine inconnue détruit un pont de Tokyo. La police des Labors est chargée par un agent du gouvernement d'enquêter sur l'affaire...

Dans un futur indéterminé, une nouvelle unité de police, les Patlabor, utilise des robots géants pour faire régner l'ordre. Mais des pannes inexpliquées perturbent les machines.

Lupin est soupçonné du meurtre d'un professeur nommé Theo Argent. Le professeur venait de découvrir la page manquante du carnet d'observations de Marco Polo dans le journal de voyage de l'Est. Alors que Lupin est poursuivi par la police, il finit par obtenir l'aide improbable de la petite-fille de Theo Argent, Lisa.

Peu après que l'humanité ait développé un réseau surpuissant sur lequel il est possible de se connecter par le biais de son esprit, pendant que le corps est maintenu en cuve, un accident majeur survient, causant la mort d'une grande partie des utilisateurs. Seul l'esprit de quelques uns a pu revenir, mais à cause de l'amnésie qu'a causé le désastre, rien ne garantit que leur corps actuel soit le bon.