Jenseits der Menschenwelt, im Lande Iorph, lebt das Waisenmädchen Maquia im Einklang mit ihresgleichen. Gesegnet mit langanhaltender Jugend verwebt ihre Sippe seit Jahrhunderten das Geschehen eines jeden Tages in einem mystischen Tuch namens Hibiol. Doch das friedliche Leben der Gemeinschaft gerät aus den Fugen, als die Armee aus Mesate gewaltsam in die Stadt eindringt, um sich des langlebigen Blutes zu bemächtigen. Inmitten von Verzweiflung und Chaos gelingt Maquia die Flucht und während sie allein durch den Wald streift, findet sie einen Säugling, den sie Erial nennt und fortan aufzieht. Maquia ist glücklich - doch je älter das Findelkind wird, umso bewusster wird sich Maquia, wie ihre Unsterblichkeit nicht nur ihr eigenes Leben beeinflusst …

Als die Königsfamilie von Levamme einem feindlichen Angriff zum Opfer fällt, erhält der Söldner Charles Karino als bester Pilot der Armee den Auftrag, die einzige Überlebende, Prinzessin Fana, in einer geheimen Mission zu ihrem Verlobten in Sicherheit zu bringen. Dafür begibt er sich mit ihr in einem zweisitzigen Aufklärungsflugzeug auf eine 12.000 Kilometer weite Reise durch Feindesland.

Ein außerirdischer Reisender kommt von weit her, um die Schönheit eines vermutlich unerforschten Gebiets zu erforschen. Stattdessen befindet er sich plötzlich mitten in einem turbulenten Kampf. Er ist gegen seinen Willen gefangen und muss geduldig warten, bis sich der Sturm gelegt hat.

Als der im Gefängnis von Amestris inhaftierte Melvin Voyage ausbricht, stellen sich ihm die beiden Brüder Edward und Alphonse Elric entgegen. Während des Kampfes wendet der Entflohene eine mächtige und bisher unbekannte Form der Alchemie an, um sich dem Zugriff seiner Verfolger zu entziehen. Edward und Alphonse lassen jedoch nicht locker und nehmen die Verfolgung von Melvin Voyage auf. Die Spur führt die beiden in die Stadt Table City, wo die beiden Brüder schnell bemerken, dass hinter dem Gefängnisausbruch mehr steckt, als anfangs angenommen. Beide geraten zwischen die Fronten von unberechenbaren Mächten und einer sich anbahnenden Revolution…

Zenigata wird der Fall Lupin entzogen. Daraufhin betrinkt er sich in der Wohnung seines Lieblingsfeindes. Lupin und Jigen finden bei dieser Gelegenheit Zenigatas nächsten Auftrag: Er soll den Waffenschiebering "Shotshell" zerschlagen. Wo Waffenschieber sind, ist auch Geld: Lupin und Jigen machen sich ans Werk. Sie stehlen ein hochmodernes russisches U-Boot, um die Aufmerksamkeit der Organisation zu erregen. Dabei sind sie auf die Hilfe einer russischen Atomphysikerin angewiesen, deren Vater jedoch einst von Jigen erschossen wurde... Auch ohne diese Verwicklung verläuft der Fall kompliziert. Anstelle von Zenigata hängt nun ein Profikiller an Lupin und seinen Freunden, der im Dienst von Shotshell steht. Goemon und auch Jigen scheinen ihm zum Opfer gefallen zu sein. Wie können sich Lupin und Fujiko retten? Und wie kommen sie an das Geld von Shotshell heran?

In einem Land, in dem eine furchtbare Krankheit ihr Unwesen treibt, leben ein Mann namens Van und ein junges Mädchen namens Yuna. Als eine Salzmine von Wölfen angegriffen wird, schaffen es die beiden gerade so zu entkommen. Doch auch ein Leben auf dem Land ist ihnen nicht vergönnt. Der Mediziner Hossal glaubt, dass mit ihrem Blut der Krankheit ein Ende gesetzt werden könnte. Die beiden finden sich also in einer Situation wieder, die weit größer als all das ist, was sie sich je vorgestellt haben …