يدرك أحد قراصنة الكمبيوتر أن ما يعتبره معظم الناس واقعًا هو في الحقيقة محاكاة يتم إنشاؤها بواسطة آلات، فينضم إلى المتمردين ليتحرر.
تُلقى خطة شرطي شرطة نيويورك جون ماكلين للتصالح مع زوجته المنفصلة عنه في حلقة خطيرة عندما ، بعد دقائق من وصوله إلى مكتبها ، تغلبت مجموعة من الإرهابيين على المبنى بأكمله. مع القليل من المساعدة من شرطة لوس أنجلوس ، ينطلق " ماكلين " المتعثر لإنقاذ الرهائن بمفرده وإنزال الأشرار.
يصبح (نيو) آخر آمال البشر، فهو الوحيد القادر على فعل المعجزات، ويحاول (نيو) أن ينقذ مدينة زيون التي سوف تقع قريبًا تحت حصار الآلات. يضع الجميع بقيادة (مورفيوس) ثقتهم الكاملة في (نيو)، ويعلقون عليه الآمال بإنهاء الحرب مع الآلات، لا سيما وهم مؤمنون بالنبوءة التي تتوقع نجاحه. يقرر (نيو) وحبيبته (ترينتي) مرافقة (مورفيوس) إلى الماتريكس لمحاولة الوصول إلى قلب النظام عن طريق صانع المفاتيح. في الوقت ذاته ينجو العميل (سميث) من الإلغاء، ويصبح أكثر قوة عن ذي قبل، ويضع نصب عينه هدفًا أساسيًا هو ملاحقة (نيو).
يكتشف نيو (كيانو ريفز) أنه بطريقة ما قادر على استخدام قوته في العالم الحقيقي، وأن عقله باستطاعته التحرر من جسده؛ ولذلك يجد نفسه إذ فجاة محاصرًا في محطة قطار ما بين العالم الحقيقي والماتركس. في أثناء كل هذا تستعد زيون (ريني ناوفاهو) لحرب شعواء ضد الماكينات رغم صعوبة فوز زيون بتلك الحرب. وبين هذا وذاك لا يعلم كلا الطرفين أن هناك طرفًا ثالثًا يسعى للقضاء على العالم كله.
لدى الساحر كريس جونسون في صالة عرض لاس فيغاس سر يعذبه: يمكنه رؤية بضع دقائق في المستقبل. لقد سئم من الفحوصات التي خضع لها عندما كان طفلاً واهتمام الحكومة والمؤسسة الطبية بسلطته ، فهو يكمن تحت اسم مستعار في فيغاس ، يؤدي حيلًا رخيصة ويعيش على "مكاسب" القمار الصغيرة. لكن عندما تهدد جماعة إرهابية بتفجير جهاز نووي في لوس أنجلوس ، يجب على العميلة الحكومية كالي فيريس أن تستخدم كل حيلها للقبض على كريس وإقناعه بمساعدتها في وقف الكارثة.
اختطف خبير إلكترونيات قطار ركاب وتحول إلى مركز قيادة لا يمكن تعقبه لقمر صناعي للأسلحة. لقد خطط لتفجير واشنطن العاصمة ويمكن لرجل واحد فقط منعه ، وهو جندي البحرية السابق كيسي ريباك.