Ο Pink (Bob Geldof) μεγάλωσε μόνο με την υπερπροστατευτική μητέρα του, καθώς ο πατέρας του σκοτώθηκε στο καθήκον κατά τη διάρκεια του Β` Παγκοσμίου πολέμου. Λίγα χρόνια αργότερα θα τιμωρηθεί στο σχολείο γιατί άρχισε να γράφει ποιήματα. Τώρα πια εθισμένος στα ναρκωτικά, κι έχοντας σιχαθεί τη μουσική βιομηχανία, σιγά σιγά θα υψώσει ένα τείχος γύρω από τον εαυτό του για να προστατευτεί από τον έξω κόσμο.
Ένα έμβλημα της ψυχεδελικής ποπ κουλτούρας, ένα πολύχρωμο μουσικό θέαμα και μια αναζωογονητική, εύθυμη ταινία για όλες τις ηλικίες: το Yellow Submarine είναι γεμάτο από οπτικά ευρήματα, οφθαλμαπάτες, λογοπαίγνια και υπέροχη μουσική. Σ’ αυτό το ορόσημο του ανιμέισον που κυκλοφόρησε σε μια νέα ψηφιακά αποκατεστημένη κόπια, οι Μπιτλς καλούνται να διασχίσουν επτά θάλασσες για να απελευθερώσουν τον πλανήτη Sgt. Pepper’s Lonely Hearts Club Band από τον στρατό των Blue Meanies, οι οποίοι απειλούν να κάνουν τη μουσική να σιγήσει και να καταργήσουν κάθε χρώμα κι ελπίδα από αυτή τη χώρα. Μία είναι η λύση: «So we sailed up to the sun / Till we found a sea of green / And we lived beneath the waves / In our yellow submarine».
O Alex Fletcher είναι ένας μουσικός που η καριέρα του έχει πάρει την κάτω βόλτα. Όταν μία σχεδόν έφηβη ντίβα του πενταγράμμου του ζητά να της γράψει ένα τραγούδι ο Alex θεωρεί ότι είναι η μεγάλη του ευκαιρία να επιστρέψει δριμύτερος. Το μόνο πρόβλημα είναι ότι δεν έχει γράψει ποτέ του στίχους και πρέπει να συνθέσει ένα ποπ σουξέ και να γράψει στίχους για αυτό μέσα σε λίγες μέρες. Κάπου εκεί εμφανίζεται η Sophie Fisher που ξυπνά κάτι μέσα του...