Film jutustab rohelisest sookollist Shrekist, kes on harjunud elama üksinda soo peal. Aga Shreki rahu saab rikutud muinasjuttude tegelastega, keda Duloci valitseja Lord Farquaad sunnib soo peale kolima.

Noormees, nimega Tristan (Charlie Cox) üritab võita imeilusa, kuid külma Victoria (Sienna Miller) südant. Et oma unistuse poole püüelda, asub Tristan teekonnale, et tuua enda unistuste naisele langenud täht. Tristanil pole aga aimugi, et ta ei ole nimelt ainus, kes on asunud täheotsingule ...

Lõvi Alex, sebra Marty, kaelkirjak Melman ja jõehobu Gloria on ikka veel Madagaskaril, kuid vahepealse aja jooksul on sündinud sedavõrd hullumeelne plaan, et see võib isegi toimida. Nimelt on suutnud ettevõtlikud pingviinid seada töökorda vana lennukivraki ning nüüd kavatsevad sõbrad sellega tagasi koju lennata. Paraku püsib sõiduk õhus ainult natuke aega, millele järgneb hädamaandumine Aafrika südames. Seal kohtavad nad esmakordselt elus liigikaaslasi ning tutvuvad oma juurtega.